Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGTGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttctactccaaaattcaggcatagtgaacagtgattagcttctcttataagtggtgggtattaaggttcttaagttcttgcatgtttttggtgt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G123732_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G123732_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGTGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttctactccaaaattcaggcatagtgaacagtgattagcttctcttataagtggtgggtattaaggttcttaagttcttgcatgtttttggtgt--
||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    | |||||   |||||||| |||  | ||| |     | |   | |  || ||   || | | |   ||  |||  |  |  |   | |||   
AGCATTTCTGCTTCAAGGAAACGAAACCAGTGGTTTTGAATCTTTGGCACGTACGTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgccattgctccattgttcaggcagagtaga-agtaaccgcttacatgtctttgttgttt-tagtgatggcattgtgtttctttacttagcttgtgcaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211483660|gb|FL342584.1|FL342584
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|76291714|gb|DV031282.1|DV031282
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|50329533|gb|CO524659.1|CO524659
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|211118164|gb|FL349423.1|FL349423
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|71323879|gb|DR798616.1|DR798616
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|149005849|gb|EE040139.2|EE040139
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTG
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTG
EST: gi|74244183|gb|DT652097.1|DT652097
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|91867966|gb|EB399869.1|EB399869
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|93011727|gb|EB637247.1|EB637247
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|32933373|gb|CF038185.1|CF038185
EST:     GCTGACGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|67034439|gb|CO462989.1|CO462989
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
EST: gi|74244184|gb|DT652098.1|DT652098
EST:     GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttct ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATGCTGATCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGTGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCAGCTGACGCATTGCTCAAGgtatggttctactccaaaattcaggcatagtgaacagtgattagcttctcttataagtggtgggtattaaggttcttaagttcttgcatgtttttggtgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA