Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGCCACTGAGGACACTGTATGGAGTGGGTCGTGTTTTTGGCGCAGGACGGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtctgaaatactcgtgtgacttctagctagctattgagtatttaggagtctattgtttattaatatttgcttaatgcttatcgatgtaagcac...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G120300_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G120300_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g34100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CATGCCACTGAGGACACTGTATGGAGTGGGTCGTGTTTTTGGCGCAGGACGGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtctgaaatactcgtgtgacttctagctagctattgagtatttaggagtctattgtttattaatatttgcttaatgcttatcgat-gtaagcac----------
|||||| |||||||| ||| | || ||||| ||  | |||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||   |||| ||| |        |  ||  | | ||||   |   |   |||  |||||| |||   | ||| ||   |||| | ||| || || |           
CATGCCTCTGAGGACGCTGCACGGGGTGGGACGGATGTTTGGCGCTGGGCGGTTCCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCGTCGTCGCTGCAAATTGAGCTCgtgagtatcctgagatattt-------tattatgttgttattc--tccctgtcagtgaattgtt-attgcaacttgattgg-gcttgtggattgtgagtatcatcctgaga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211007079|gb|FL215825.1|FL215825
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCCTGCATGATGTTGATAC
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCC-TGCATGATGTTGATAC
EST: gi|5325053|gb|AI783244.1|AI783244
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007081|gb|FL215827.1|FL215827
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTATCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|78086882|gb|DV515275.1|DV515275
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|149112938|gb|EE295731.2|EE295731
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211009850|gb|FL215839.1|FL215839
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTG
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTG
EST: gi|74238485|gb|DT646399.1|DT646399
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211009849|gb|FL215838.1|FL215838
EST:     GTTTCTCTGCAACATGACCAGGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGC
genomic: GTTTCTCTGCAACATGACCAA-CGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGC
EST: gi|78113025|gb|DV531419.1|DV531419
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|148939665|gb|EC884322.2|EC884322
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|148957405|gb|EC903461.2|EC903461
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007084|gb|FL215830.1|FL215830
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|149075909|gb|EE164468.2|EE164468
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|5846865|gb|AI999948.1|AI999948
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|27522113|gb|CA989219.1|CA989219
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|76286961|gb|DV026529.1|DV026529
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|89758697|gb|DY687784.1|DY687784
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|78125192|gb|DV543576.1|DV543576
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCCTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|89755748|gb|DY686053.1|DY686053
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007083|gb|FL215829.1|FL215829
EST:     GTTTCTCTGCNCACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GTTTCTCTGCA-ACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|76912679|gb|DV164844.1|DV164844
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007078|gb|FL215824.1|FL215824
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|6194731|gb|AW146835.1|AW146835
EST:     TCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: TCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|93282109|gb|EB674373.1|EB674373
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211009846|gb|FL215835.1|FL215835
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|149103112|gb|EE288479.2|EE288479
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|149026716|gb|EE046118.2|EE046118
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|76929251|gb|DV171925.1|DV171925
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007082|gb|FL215828.1|FL215828
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|211007086|gb|FL215832.1|FL215832
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAGCGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCATATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|91048227|gb|EB158645.1|EB158645
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
EST: gi|67017612|gb|CO446361.1|CO446361
EST:     GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTT                         GTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT
genomic: GGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtc ... tcatatgcagGTACCATGCCTTCGAGATAACTATGCGTATATCCTGCATGATGTTGATACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATGCCACTGAGGACACTGTATGGAGTGGGTCGTGTTTTTGGCGCAGGACGGTTTCTCTGCAACATGACCAACGTCTCTTCGTCGCTGCAAATTGAGCTTgtaagtggtctgaaatactcgtgtgacttctagctagctattgagtatttaggagtctattgtttattaatatttgcttaatgcttatcgatgtaagcac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT