Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgctccctcgatccggctgggtttcctagggttttgattttgggggtgcgggttcagatgctactagacggatttggaccgtgtttgctttgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G115424_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93282514|gb|EB674778.1|EB674778
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|21331604|gb|BQ486985.1|BQ486985
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGTGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|149088114|gb|EE177273.2|EE177273
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|94476635|gb|EB705593.1|EB705593
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347699|gb|FL126085.1|FL126085
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|91869344|gb|EB400345.1|EB400345
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|29130260|gb|CB380964.1|CB380964
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|76935015|gb|DV174136.1|DV174136
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347692|gb|FL126078.1|FL126078
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|148979152|gb|EE026541.2|EE026541
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|4753351|gb|AI657256.1|AI657256
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347698|gb|FL126084.1|FL126084
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211350088|gb|FL126088.1|FL126088
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347696|gb|FL126082.1|FL126082
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|149013491|gb|EE042992.2|EE042992
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|26457236|gb|CA828819.1|CA828819
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|74232055|gb|DT639969.1|DT639969
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|31354599|gb|CD438956.1|CD438956
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|21390188|gb|BQ528237.1|BQ528237
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211350091|gb|FL126091.1|FL126091
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211350087|gb|FL126087.1|FL126087
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|86466339|gb|DY232710.1|DY232710
EST:     ATGTTGAAAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347688|gb|FL126074.1|FL126074
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|31910587|gb|CD651499.1|CD651499
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|28930828|gb|CB334189.1|CB334189
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|31406449|gb|CD485181.1|CD485181
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347693|gb|FL126079.1|FL126079
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211350089|gb|FL126089.1|FL126089
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|28931208|gb|CB334569.1|CB334569
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|89252072|gb|DY623858.1|DY623858
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATCTGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|93017250|gb|EB642770.1|EB642770
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|60355952|gb|DN222925.1|DN222925
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211350090|gb|FL126090.1|FL126090
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGASCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347697|gb|FL126083.1|FL126083
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTWA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347690|gb|FL126076.1|FL126076
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347691|gb|FL126077.1|FL126077
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|32857894|gb|CD997575.1|CD997575
EST:     GTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: GTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|149110861|gb|EE294360.2|EE294360
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
EST: gi|211347689|gb|FL126075.1|FL126075
EST:     ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAG                         AGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA
genomic: ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgc ... ttttgcgcagAGAAGGATAATTTATGTTTATATGGACTTCCCAATGAGACATGGGAAGTAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGTTGAGAAGTTCTACGTGATGTGCGACCCAGgtgagcctgctccctcgatccggctgggtttcctagggttttgattttgggggtgcgggttcagatgctactagacggatttggaccgtgtttgctttgc

- - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctccctc