Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACGTGGAGCTCAGAGCATTGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaagtttcttctgttgtttcagttattctatgaccctgtttgcagtgtcccagcaccaagatttcttggagttgggtattactagctccataaatttctgaatgtggagctagggcttaggggtacacctgacttgctttctttctattctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91877839|gb|EB407796.1|EB407796
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|78080128|gb|DV508540.1|DV508540
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|6827481|gb|AW331124.1|AW331124
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTGTTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|37419826|gb|CF647598.1|CF647598
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|32919341|gb|CF024153.1|CF024153
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTGTTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|71311806|gb|DR792364.1|DR792364
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|91049342|gb|EB159760.1|EB159760
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAG                         ACNNNNNNNGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG
genomic: TGGTGCCTCTTTCCTCTTTCACCAAGGATTCCGGTGCCTTATTTCACAAGgttagacaag ... tctattctagACAAAAAAAGTCTCAAGGGTCTTGATTCTTGTATGAACTCAAGATTTATGG