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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtggctctgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggttatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G104918_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g59040.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtggctctgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggttatgcag
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GCTGGGCAGCCCAGGCGCGCCCCTAAGCTCAACGAGAGGATCCTGTCCTCCTTGTCGAGGAGATCAGTAGCTGCACATCCGTGGCATGATCTTGAGATCGgtatgg-----aactgtctttcccatctctctttatggctcacccacaacactatgtg-gcatgcatcatctcacttaatttggttcaacag

upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA19G45050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtggctctgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggttatgcag
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GCTGGAGAAAATCGTCCAGTTCCCCGTTTGAATGAAAGGATTCTTTCATCATTGTCAAGGAGATCAGTAGCTGCTCATCCTTGGCATGATCTAGAAATTGgtaactttgctga-tattattgcttgttcatatagtatagttaagattt----aaatca-tattacaaaactacttaattttcat-atgcag

upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G01960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
-GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtg--cgtgac-tcaactatcctttcttgct-ctcctaactc----ctatgtggctctg--tcaaataagcatactccat-----ctaaatcattttggttatgcag----------------------------------------------------------------------
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CCTCGAGAAAACCGTCCGGTTCCACGC-TTGAATGAAAGGATTCTTTCATCTCTGTCTAGGAGATCAGTTGCTGCTCACCCTTGGCATGATCTTGAAATTGgtaatcttgttgttgactacgttgcttcattgcatttaatttaacattgaatgacttaaaatcaagttgctatattatcttgtggctaggccaaat-gcttatgctaaatcaaggattattttggtcttagcctacaaaaaaaaaaagttgttaatgttcttaggtttcatatgcag

upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G01050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GCTGAG-CAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtg---gctctgtcaaataagcatac-tccatctaaatcattttggttatgcag
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-CAGAGGCTGCAGCGACCAGCTCCTCGTCTTAACGAGAGGATTCTCTCATCCTTGTCAAGAAGATCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAGATTGgtatataaatcattctaaacatgctactttttgatttcatacttttgtattctgttactaaatcataagtctggataatctatctag---------

upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv02s0025g02980.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTC--AATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtggctctgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggttatgcag
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--TACGATGCTTCACAACGCCCATCCTCCTTGAATGAGAGGATCCTCTCATCAATGTCAAGGAGATCGGTTGCTGCTCATCCCTGGCATGATCTTGAGATTGgtgtgtctcgagaatggttatgttcatagttcaaattgcagcctccatttggaaactaa---cggtttttgtatacc-ttgtatatatgcag

upper sequence: GRMZM2G104918_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S552_1V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
GCTGAGCAGC--CTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact------caactatcctttc---ttgctctcctaactcctatgtggctc--------tgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggtta-tgcag---------------------------------------------------------
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--TCAACTGCAGTTCACAAGGCTACTCCACTGAACAGCCGGATTATGACGACGATGGAGCGTCGTACTGTCGCTGCACATCCATGGCATGATCTCGAAATCGgtatgtgggtttgtaccgacaggatttttggttagttgtggaaatggccgcgagtcgggaagagagtgtcataggtgtttatcgtgcattgcttatcgttgtaggtgtagtggaagtatctgaatgatgaggttctgaattggtgtgtgttgtattgcctttttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|62550351|gb|DN830771.1|DN830771
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|5847381|gb|AW000460.1|AW000460
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211093920|gb|FK999173.1|FK999173
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|19436367|gb|BM952777.1|BM952777
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|32919721|gb|CF024533.1|CF024533
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211089012|gb|FK999151.1|FK999151
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|19057667|gb|BM736334.1|BM736334
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211096405|gb|FK999195.1|FK999195
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211103820|gb|FK999229.1|FK999229
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|19057482|gb|BM736149.1|BM736149
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211093922|gb|FK999175.1|FK999175
EST:     CTGTCCAGGAGGTCCGTAAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: CTGTCCAGGAGGTCCGT-AGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211101358|gb|FK999222.1|FK999222
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|19436825|gb|BM953235.1|BM953235
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091463|gb|FK999166.1|FK999166
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|6021306|gb|AW066234.1|AW066234
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211101353|gb|FK999217.1|FK999217
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211096398|gb|FK999188.1|FK999188
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211098877|gb|FK999206.1|FK999206
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211309977|gb|FL324776.1|FL324776
EST:     MTGTCCAGGAGGTCACGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: CTGTCCAGGAGGTC-CGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|67017181|gb|CO445930.1|CO445930
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091454|gb|FK999157.1|FK999157
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211089009|gb|FK999148.1|FK999148
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211089008|gb|FK999147.1|FK999147
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211101361|gb|FK999225.1|FK999225
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211096399|gb|FK999189.1|FK999189
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091456|gb|FK999159.1|FK999159
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211103822|gb|FK999231.1|FK999231
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|32937680|gb|CF042499.1|CF042499
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211093926|gb|FK999179.1|FK999179
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091450|gb|FK999153.1|FK999153
EST:     TCTGTMCAGGAGGTCCGTARCTGCTCATCCATGGAATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091455|gb|FK999158.1|FK999158
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211096403|gb|FK999193.1|FK999193
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211096402|gb|FK999192.1|FK999192
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211091462|gb|FK999165.1|FK999165
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|15499517|gb|BI596030.1|BI596030
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|32802814|gb|CD955050.1|CD955050
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211101359|gb|FK999223.1|FK999223
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|211098871|gb|FK999200.1|FK999200
EST:     TCTGTCCAGAAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
genomic: TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgact ... ggttatgcagGTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
EST: gi|19436366|gb|BM952776.1|BM952776
EST:     TCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCG                         GTCCTGGTGCTCCTGCTGTATTCAATGTT
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EST: gi|211098875|gb|FK999204.1|FK999204
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTGAGCAGCCTAAGAGGGCCCCTAAGCTCAATGAAAGGATCCTCTCCTCTCTGTCCAGGAGGTCCGTAGCTGCTCATCCATGGCATGATCTCGAGATCGgtgcgtgactcaactatcctttcttgctctcctaactcctatgtggctctgtcaaataagcatactccatctaaatcattttggttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC