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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgtccgtctgcttcctctcttccctccgcttttcccgtagcagaattcgtggtggtgggcggtgcgtcgctggagggtgggatcttgctaatg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101874_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211437198|gb|FL306605.1|FL306605
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211280480|gb|FL384370.1|FL384370
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211310687|gb|FL360931.1|FL360931
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|148932084|gb|EC875451.2|EC875451
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|148946917|gb|EC892199.2|EC892199
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|29168001|gb|CB411261.1|CB411261
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|149058039|gb|EE156723.2|EE156723
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|30087269|gb|CB885477.1|CB885477
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGAGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|31558097|gb|CD527309.1|CD527309
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|30087270|gb|CB885478.1|CB885478
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211137588|gb|FL389534.1|FL389534
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211262089|gb|FL418798.1|FL418798
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211374013|gb|FL281466.1|FL281466
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211132260|gb|FL313051.1|FL313051
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211511641|gb|FL407272.1|FL407272
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211404049|gb|FL322177.1|FL322177
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211189068|gb|FL364427.1|FL364427
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|29544808|gb|CB605416.1|CB605416
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGAGAAATAACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211154722|gb|FL378545.1|FL378545
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211511988|gb|FL311502.1|FL311502
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGC
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGC
EST: gi|211357081|gb|FL344664.1|FL344664
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211291088|gb|FL325931.1|FL325931
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211121781|gb|FL425238.1|FL425238
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTCCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211197583|gb|FL428825.1|FL428825
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211194870|gb|FL416650.1|FL416650
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211211707|gb|FL374153.1|FL374153
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|211353641|gb|FL411984.1|FL411984
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
EST: gi|91875287|gb|EB405244.1|EB405244
EST:     GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTG                         GTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA
genomic: GCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 484

GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 74

GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 37 (downstream exon)
Score: 91

GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 103

GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgt ... ttccttacagGTTGCTCTGGTCAGTGATGGCCGGTGACATTACATGCGGATCCTTGCTGCAAAAATTGCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTCCTCCGGCATCGGATCCCCTGGAGTGGAGCGTTGAACCACGCTGCGGGCCTGCATTCACCACCTCCGTGCTTTCCTTCGTCTTCTCCGCCTCATCTGgtaagagcgtccgtctgcttcctctcttccctccgcttttcccgtagcagaattcgtggtggtgggcggtgcgtcgctggagggtgggatcttgctaatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctccgc