Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101020_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G11760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctt-tatcatattgtgatatgct-ttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagt---aatggcaggcacttctaaacctcca
||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  |     |  ||| |  | |    |  |||  | |   |  ||   ||    |  |  || |     || |  |   | |  || |   | |||  |     
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGCCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctcttctgccttgccttagtatcttatctgtaattaaacttgatacttactgatttgatcactgtttttactcacatgatttgctatgc-----

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G03470.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca-----
||||||| || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  |||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |    |||| | | |||||  ||| || |      |   | |||    |  ||   || ||  || ||||    | | ||   ||| ||    |        
TCTTTGATGGATATGCTCATTTGTCCTCTGGCCTTGCCTGTGGCCTAGCTGGCCTCTCTGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtaattgtaatt-catcatcatcatgtcatgt----caagcctatgggcacttgtagaatgttaggtgtagtaagttttggagatccttatattgattagtgata

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G23990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgat-atgctttg-atggtt-tggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca
||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||||| ||  |||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |     |||  |||    |||  |||| ||||  || |||  | |||    |  |    || ||  || ||||  | ||   |  |  | || |      
TCTTTGATGGCTATGCCCACTTGTCCTCTGGCCTCGCCTGTGGCCTCGCTGGCCTCTCTGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtaattgttattcattttcattatcatgatcatgccatgtatgcctatggacacttcttgaatgttaggtgtagta--agtgttggagatctttatattgat-

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G24220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgata-atatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca--
| ||||||||||| |||||||| || || || || || ||||| || ||||| ||  | || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    |  |||  |  ||   ||  || |  |  ||  || |   |||| |  || | ||  | ||||  | | |  | |  |     |  |    |  |  
TTTTTGACGGCTACGCCCACCTCTCTTCAGGTCTCGCTTGTGGCCTCGCTGGCCTCTCCGCTGGCATGGCCATCGGCATCGTTGGCGATGCCGGTGTTAGgtattcatcatt--taaatttaatcatgcttcgagttattgttgctgctgctttatgttttcattaatgttgca-tgcttgttgtttggttgatgggttgagt

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA12G04090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtg-aagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgat--ggtttgg--ctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca
||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  ||  |   ||| |||  || || |  |||| ||  |   |||   |   ||||  |||  ||     | |||   | ||||  |  ||||       |   
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGGCTGGCTGGTCTCTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCTGGTGTTAGgtataattcttctgccttagtatcttatc-tatgattaaactcggtactgatttgatcttattctgaagtctacagatttcatggt-gatacttaatgtgat---

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G00950.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtg-atatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggc-acttctaaacctcca
||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||  | ||||| ||| |||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||  |     ||  |   |  | ||    ||||| |||| |   ||   |  | || ||||   |  |   || | | ||  |     | |    || | ||
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCCTCTGGTCTTGCCTGTGGCTTGGCTGGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTCGGTGATGCTGGTGTTAGgtataatgcttttttactttgtttttcatatatgatttgttt-cttatttcttgatgtgttta-aggtcttgttgaattgcaatattgcatagtgacattca

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G00980.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggta-aatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca----
||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||  | ||||| ||| |||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||    ||||  || || | |  ||||    | |||   |   ||    | |  |||     |  |||   | | || || ||  ||  |||  | |  |     
TCTTTGATGGTTATGCACATCTCTCTTCTGGTCTTGCCTGTGGCTTGGCTGGCCTTTCTGCTGGCATGGCTATTGGTATTGTTGGTGATGCCGGTGTTAGgt----acaaaagcctttttactttgtttcttacttctgtatgttttaaggtcttattgaattgcaatattgca-tagtgacactcaactcttgatccactgact

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G75630.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataat--atgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca
| || || |||||||| || || || ||||| || || |||||||||||||| ||  |||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||| |   | ||  ||    |||  | | |  || |||||| |      |  | ||  || ||      |  || |||    |      |||       |   
TATTCGATGGCTATGCTCATCTCTCTTCTGGGCTAGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCTGCTGGTATGGCTATTGGAATCGTCGGTGATGCTGGTGTTAGgtaattgctatctctgctacatgatcttaactg-tttgattgcagcaattttgatcgattttcacttgtttagaagtttctgagatagctttgttgtttgt-

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G16510.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatat-gttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca-
| |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||  | || || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||        ||| ||  ||| |  | || ||| ||  ||||       | |||  |  |  |||  |  | | ||  |    ||   | | |  |   || 
TATTTGACGGATACGCTCACCTTTCGTCTGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGACTCTCAGCTGGTATGGCTATTGGAATTGTTGGTGATGCGGGTGTTAGgt--------ttg-ttcctcaca--gaga-atgtttgaatgga--aaacgttaacgtcatctgtatcttgacttgtttt---tggttttgcgattctctcag

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT4G38920.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca--
|||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||| | || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||     |   ||  |  |  | |   |||   || | || |  |   |    | | |    | |||    ||  | |      | ||| | || |   |  
TCTTCGACGGATATGCTCATCTCTCTTCTGGTCTTGCTTGTGGGCTAGCTGGTCTTTCAGCTGGAATGGCCATAGGTATCGTTGGCGATGCTGGTGTCAGgtacgatcctctgtgtccttctttgcagattcactcttatagcctaatttgctaaaagac--tcaattttatacaagtatatctcccttatgaatcagaata

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT4G34720.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca------
||||||| || || || || || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||  | || || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||   | |  | |   |      |  ||||| ||||||| ||| |    ||  |||||    |||     ||  |  || |   | ||| |     ||        
TCTTTGATGGATACGCACATCTCTCGTCTGGTCTTGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCAGCTGGAATGGCCATTGGGATTGTTGGTGATGCCGGTGTCAGgttt-gtctctcgtcctcctgc-tactgatacgctttga-ggtattatggaagatatg----taacattggtgtt--tgacttacccttttgcgattctttttcag

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S200_79V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaa-gacaa----ttgctttatcatattgtg-----atatgctttgatggtttggctgataatatgttggt--aaatgcagta-gtaatggcaggcacttctaaacctcca--------------------------------------------------------------------------
| || |||||||| || ||||| || |||||  |  | |||||  | ||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    |||||    ||||  | |     |||      ||| | ||||| | |   |   ||| | ||    |    || || |  |||  |||    || |  |  |                                                                               
TGTTCGACGGCTACGCGCACCTTTCATCTGGATTGTCGTGTGGGTTGGCTGGTCTATCGGCAGGCATGGCCATTGGTATCGTCGGAGATGCTGGTGTTAGgtacttgacaaagccttgcaatgtggcgatgtaccaaaatacgttttgaagttggagtcaatagtctgccaatctggattcaattcgtagaggctt-tacgttcatgcacgtgatatctgaggatgctgagttgatgccatttgttgatcatgtccttgttaacttggaggatggggttttgtgcag

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S45_97V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttct--aaacctcca---------------------------------------------------------------------------------------------------
| ||||||||||| || || || || || ||  |  | || ||  | || || ||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||   |       | ||   || | ||||| |      ||   | |  |||   |     |  | ||| | | |  || | |     |||    |   | ||                                                                                                   
TGTTTGACGGCTACGCGCATCTTTCATCGGGATTGTCTTGCGGGTTGGCAGGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtag--tgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttgtgggagggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcag

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S45_100V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttct--aaacctcca---------------------------------------------------------------------------------------------------
| ||||||||||| || || || || || ||  |  | || ||  | || || ||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||   |       | ||   || | ||||| |      ||   | |  |||   |     |  | ||| | | |  || | |     |||    |   | ||                                                                                                   
TGTTTGACGGCTACGCGCATCTTTCTTCGGGATTGTCTTGCGGGTTGGCAGGACTGTCGGCAGGCATGGCCATCGGTATCGTTGGAGATGCTGGTGTGAGgtagcggacgaacccttgcaatgtggtgatgtatgggaatacgtag--tgaagttggaaagagagatgtaatcgggattgaaatggattcgcagagggttcacggtgatggacatgaggtttgaggatgcagagtgagttatgggagggtttggtgtgttgtggatgtggttgttaacgtggaggatggcatcgtttgcag

upper sequence: GRMZM2G101020_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S1_66V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtg-atatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttc--taaacctcca---------------------------------------------------------------------------------
| |||||||||||||| || || || ||||| ||  | |||||  | || || ||  | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    |      || ||   | || || || |  | |  |  |||   |  |  | | ||  |        ||  | |  |     |||   | |   ||                                                                                   
TGTTTGACGGCTATGCGCATCTTTCATCTGGTCTGTCATGTGGGTTAGCCGGCCTGTCCGCAGGCATGGCGATTGGCATCGTTGGAGATGCTGGTGTCAGgtagtaatcccgtctctacgtttttctgcatttagtatttttctttttttcttcttttttttttctgcttgatatgatttcctattgctttatttattttctgtgaattgccattatgcatcatgtgatgcaatttttgttacctgatgtattctttgaccggattatggttatacgtctgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20802971|gb|BQ294021.1|BQ294021
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|86467025|gb|DY233395.1|DY233395
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|8930471|gb|BE225235.1|BE225235
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149095025|gb|EE180623.2|EE180623
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCACCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|20336996|gb|BQ172626.1|BQ172626
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|71446016|gb|DR827066.1|DR827066
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149095026|gb|EE180624.2|EE180624
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|5124241|gb|AI745977.1|AI745977
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211516489|gb|FL069822.1|FL069822
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149074665|gb|EE163082.2|EE163082
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149090056|gb|EE179350.2|EE179350
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211514129|gb|FL069804.1|FL069804
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|84980337|gb|DW530686.1|DW530686
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|31352708|gb|CD437065.1|CD437065
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211514125|gb|FL069800.1|FL069800
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|71442202|gb|DR823252.1|DR823252
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAACAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|27576036|gb|CA998730.1|CA998730
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCCTTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|74237362|gb|DT645276.1|DT645276
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|71442201|gb|DR823251.1|DR823251
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|71429843|gb|DR810893.1|DR810893
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211516475|gb|FL069808.1|FL069808
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGA-CGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211516478|gb|FL069811.1|FL069811
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|31351546|gb|CD435903.1|CD435903
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|40336798|gb|CK370868.1|CK370868
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|16918491|gb|BM073771.1|BM073771
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|38568999|gb|CF974884.1|CF974884
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|50332861|gb|CO527987.1|CO527987
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|116820745|gb|EC863988.1|EC863988
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGAAGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGTGAACGCTCAACAGCCGAAG
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAG
EST: gi|32910462|gb|CF015274.1|CF015274
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211250938|gb|FL119565.1|FL119565
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|27521947|gb|CA989053.1|CA989053
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|60354146|gb|DN221119.1|DN221119
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|60339462|gb|DN206435.1|DN206435
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|148999454|gb|EE036409.2|EE036409
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|15632517|gb|BI679610.1|BI679610
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|101391307|gb|EB817588.1|EB817588
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|9255419|gb|BE345887.1|BE345887
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTC
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTC
EST: gi|37395464|gb|CF635012.1|CF635012
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149086052|gb|EE175581.2|EE175581
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|91057117|gb|EB167535.1|EB167535
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|4573212|gb|AI438643.3|AI438643
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211514128|gb|FL069803.1|FL069803
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|74237363|gb|DT645277.1|DT645277
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|5005569|gb|AI711631.1|AI711631
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|78113428|gb|DV531820.1|DV531820
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|6527117|gb|AW216327.1|AW216327
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAACAACCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211179192|gb|FL462625.1|FL462625
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|14245307|gb|BG873889.1|BG873889
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|71446015|gb|DR827065.1|DR827065
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|29130955|gb|CB381659.1|CB381659
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|12045991|gb|BF728026.1|BF728026
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTA
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTA
EST: gi|60340128|gb|DN207101.1|DN207101
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|9255286|gb|BE345754.1|BE345754
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|33771160|gb|CF272821.1|CF272821
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|78544470|gb|DV621968.1|DV621968
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|149090057|gb|EE179351.2|EE179351
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|6601818|gb|AW256259.1|AW256259
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|27522067|gb|CA989173.1|CA989173
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|148939184|gb|EC883643.2|EC883643
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTTAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|33770811|gb|CF273105.1|CF273105
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCAAAGTTGTTTGTGGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|211518849|gb|FL069832.1|FL069832
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|32164857|gb|CD670175.1|CD670175
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|31664641|gb|CD573574.1|CD573574
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|6827357|gb|AW331000.1|AW331000
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
EST: gi|5018337|gb|AI714530.1|AI714530
EST:     GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAG                         GGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT
genomic: GGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 218

TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 408

TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 319

TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 293

TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaa ... ttttgtgcagGGCGAACGCTCAGCAGCCGAAGTTGTTTGTTGGCATGATCCTCATCCTTATTTTTGCTGAAGCACTTGCCCTCTATGGTCTCATCGTCGGCATTATCCTC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTTTGACGGCTATGCCCACCTGTCGTCTGGCCTTGCCTGTGGTCTTGCTGGGCTTGCTGCAGGCATGGCCATTGGCATCGTTGGTGATGCTGGTGTCAGgtgaagacaattgctttatcatattgtgatatgctttgatggtttggctgataatatgttggtaaatgcagtagtaatggcaggcacttctaaacctcca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG