1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgcttttcgaatgtgctggctaatcatttgtttcgaatatgtctgaagaaggcaaagcttgtctctgattcgctatcaaaacaaaagaaaacaaaag...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G099980_T03 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211452567|gb|FL415951.1|FL415951
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211080223|gb|FL420001.1|FL420001
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211466208|gb|FL385420.1|FL385420
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211267129|gb|FL426695.1|FL426695
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211203962|gb|FL369985.1|FL369985
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|32910631|gb|CF015443.1|CF015443
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211084387|gb|FL369936.1|FL369936
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAARCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTYACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCEST: gi|211042377|gb|FL397272.1|FL397272
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGC
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211330509|gb|FL416285.1|FL416285
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211501608|gb|FL378289.1|FL378289
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211449691|gb|FL381423.1|FL381423
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211020467|gb|FL418619.1|FL418619
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211022189|gb|FL381966.1|FL381966
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211029303|gb|FL370358.1|FL370358
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211159520|gb|FL378584.1|FL378584
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211523925|gb|FL381024.1|FL381024
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211204242|gb|FL383411.1|FL383411
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211194591|gb|FL404838.1|FL404838
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211512095|gb|FL429021.1|FL429021
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCKTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACEST: gi|211376378|gb|FL377798.1|FL377798
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATAC
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211269442|gb|FL420605.1|FL420605
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|78109085|gb|DV527502.1|DV527502
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211186922|gb|FL380831.1|FL380831
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTEST: gi|211147508|gb|FL408670.1|FL408670
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTT
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211212936|gb|FL424466.1|FL424466
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|33103991|gb|CF063951.1|CF063951
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211471762|gb|FL410798.1|FL410798
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211323555|gb|FL394717.1|FL394717
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211276957|gb|FL388228.1|FL388228
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|108953992|gb|EC364964.1|EC364964
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211051698|gb|FL411698.1|FL411698
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211355668|gb|FL392110.1|FL392110
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211186886|gb|FL377630.1|FL377630
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211490263|gb|FL376582.1|FL376582
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAAEST: gi|211269439|gb|FL420602.1|FL420602
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgcttttcgaatgtgctggctaatcatttgtttcgaatatgtctgaagaaggcaaagcttgtctctgattcgctatcaaaacaaaagaaaacaaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaggcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaagaaa