Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgcttttcgaatgtgctggctaatcatttgtttcgaatatgtctgaagaaggcaaagcttgtctctgattcgctatcaaaacaaaagaaaacaaaag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099980_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099980_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g01170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATTGAAGAGGAGGATCGG---GTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgcttttcgaatgtgctggctaatcat-ttgtttcgaatatgtctgaagaaggcaaagcttgtctctgattcgctatcaaaacaaaagaaaacaaaag
   |||||||||||| ||   ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||         |  |    |||  |||||||  ||    ||  | ||   |    |    | ||  |   | || | |            | | 
---GAAGAGGAGGATAGGGTAGTGGAGAATGATGATGGTGGGAATCCCGCTTTGCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAGCTGCATGCTTCACCATCAGgtttgccttcttttctacccagaagttcagattgtttcccatgctgcttcaaaaataatttatctcatatgtatgattctctagattccttttttggaga-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211452567|gb|FL415951.1|FL415951
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211080223|gb|FL420001.1|FL420001
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|32910582|gb|CF015394.1|CF015394
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|31612036|gb|CD568658.1|CD568658
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211267129|gb|FL426695.1|FL426695
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211203962|gb|FL369985.1|FL369985
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|20507094|gb|BQ279481.1|BQ279481
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|32910631|gb|CF015443.1|CF015443
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211084387|gb|FL369936.1|FL369936
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAARCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTYACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGC
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGC
EST: gi|211042377|gb|FL397272.1|FL397272
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|71428991|gb|DR810041.1|DR810041
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211330509|gb|FL416285.1|FL416285
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211501608|gb|FL378289.1|FL378289
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|33770989|gb|CF273283.1|CF273283
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211449691|gb|FL381423.1|FL381423
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|67033833|gb|CO462582.1|CO462582
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211020467|gb|FL418619.1|FL418619
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211022189|gb|FL381966.1|FL381966
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211029303|gb|FL370358.1|FL370358
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211159520|gb|FL378584.1|FL378584
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211523925|gb|FL381024.1|FL381024
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211204242|gb|FL383411.1|FL383411
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|76283944|gb|DV023512.1|DV023512
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211426560|gb|FL408424.1|FL408424
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211194591|gb|FL404838.1|FL404838
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211512095|gb|FL429021.1|FL429021
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCKTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATAC
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATAC
EST: gi|211376378|gb|FL377798.1|FL377798
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|26457465|gb|CA829048.1|CA829048
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|71427898|gb|DR808948.1|DR808948
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211269442|gb|FL420605.1|FL420605
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|71449093|gb|DR830143.1|DR830143
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211186922|gb|FL380831.1|FL380831
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTT
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTT
EST: gi|211147508|gb|FL408670.1|FL408670
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|32944273|gb|CF049092.1|CF049092
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|33103991|gb|CF063951.1|CF063951
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|60359114|gb|DN226087.1|DN226087
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211471762|gb|FL410798.1|FL410798
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211323555|gb|FL394717.1|FL394717
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|91048017|gb|EB158435.1|EB158435
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211276957|gb|FL388228.1|FL388228
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|108953992|gb|EC364964.1|EC364964
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211051698|gb|FL411698.1|FL411698
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211054006|gb|FL385558.1|FL385558
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|61118250|gb|DN559211.1|DN559211
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211355668|gb|FL392110.1|FL392110
EST:     GCTTGGTAGCTGCAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211186886|gb|FL377630.1|FL377630
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211490263|gb|FL376582.1|FL376582
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
EST: gi|211269439|gb|FL420602.1|FL420602
EST:     GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAG                         GTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA
genomic: GCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgctttt ... ttgcttgcagGTAGGTTACTAACTGCACTTGTATGCGAATACTTGGAGTGGGCGCAACTAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGAAGAGGAGGATCGGGTGGAGAATGATGATGGAGGGAACCCTGCTTTGCTTGGTAGCTGTAATGACCGAGCTAAGCAACTGCATGCTTCACCTTCAGgtttgcttttcgaatgtgctggctaatcatttgtttcgaatatgtctgaagaaggcaaagcttgtctctgattcgctatcaaaacaaaagaaaacaaaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA