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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatgacaagaccccgttccttctgctagctgtaatttgctaattttgatgtggttgctagttcatatatgcttgcgtttagttgcatccaggtg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099352_T04
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G099352_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
----------------------------CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatgacaagaccccgttccttctgctagctgtaatttgctaattttgatgtggttgctagttcatatatgcttgcgt-ttagttgcatccaggtg----
                            ||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| | ||   |        | | ||||   | | ||| ||  |   ||     |||| | |   | || | |       |||  ||||||  |  || ||    
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcactcctttcaattgctacttcgctttgttgtcatg-gaggatgcatctgtgatgg---gatcttgtggtgcaacgtactagttgt-tttagttggtta

upper sequence: GRMZM2G099352_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EDP07493 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 3
----------------------------CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgta--caac-atgacaagaccccgttccttctgc----tagctgtaatttgcta-attttgatgtggttgctagttcatatatgcttgcgtttagttgcatccaggtg
                            |||||| || || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||| ||| |||   || |   ||  |||    |||     |||    |||  | ||   ||   |    || | | | |   | |   |   |   ||    |   ||||       
TTGAGCTGTACGCTGAGAAGGTCAGCGACCGTGGTCTGTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCGCTGCGCTACAAGCTGCTGGGTGGCCTGGCCGTGCGCCGgtgagcagctgcgaggagagggtgttggggttgcggtgtagagggaaacggcaggaccgcgaagcgttgg--gggtggcaagggagggcacgaaaccgcatt------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32862940|gb|CF002622.1|CF002622
EST:     GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|29545002|gb|CB605180.1|CB605180
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148940207|gb|EC884975.2|EC884975
EST:     TCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGGGGTGCCAAGGGTTG
genomic: TCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|13557963|gb|BG549319.1|BG549319
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|91876194|gb|EB406151.1|EB406151
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|37379543|gb|CF626516.1|CF626516
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|15426980|gb|BI542802.1|BI542802
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|60342068|gb|DN209041.1|DN209041
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|74243889|gb|DT651803.1|DT651803
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31909983|gb|CD651193.1|CD651193
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71445502|gb|DR826552.1|DR826552
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|37374483|gb|CF623604.1|CF623604
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|4887427|gb|AI677526.1|AI677526
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|37388633|gb|CF631526.1|CF631526
EST:     AGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCC-TGCCGTTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT
genomic: AGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCG-TCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT
EST: gi|88751101|gb|DY535242.1|DY535242
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|29545035|gb|CB605213.1|CB605213
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|14529240|gb|BI096373.1|BI096373
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCGGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71445501|gb|DR826551.1|DR826551
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|60398429|gb|DN231245.1|DN231245
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31910330|gb|CD651369.1|CD651369
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31664142|gb|CD573322.1|CD573322
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|32865418|gb|CF005100.1|CF005100
EST:     GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|27521967|gb|CA989073.1|CA989073
EST:     GCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTTTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: GCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|60341589|gb|DN208562.1|DN208562
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|6742594|gb|AW313409.1|AW313409
EST:     CCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|16926690|gb|BM079758.1|BM079758
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211138256|gb|FL356401.1|FL356401
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|31405890|gb|CD484622.1|CD484622
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|71774007|gb|DR971894.1|DR971894
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|21828608|gb|BQ703292.1|BQ703292
EST:     TTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: TTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|24763191|gb|CA398374.1|CA398374
EST:     AGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: AGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211416665|gb|FL317443.1|FL317443
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|17921579|gb|BM259230.1|BM259230
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|88751339|gb|DY535480.1|DY535480
EST:     CGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211149446|gb|FL325047.1|FL325047
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|60342368|gb|DN209341.1|DN209341
EST:     CTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|60352449|gb|DN219422.1|DN219422
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|16927388|gb|BM080457.1|BM080457
EST:     GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: GTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 538

CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 555

CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 492

CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 285

CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatg ... tcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CCGTGGGCTCTGTGCCATCGCGCAGGCCGAGTCCCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGCCTTGCCGTCCGCAGgtacaacatgacaagaccccgttccttctgctagctgtaatttgctaattttgatgtggttgctagttcatatatgcttgcgtttagttgcatccaggtg

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