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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTAAAAAGTTACTTTGAGATGCTTGCCATGGATGAGCATGCATCTGCTTTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactcgagttatacctcatatattgtgtatgatgactgagggtcccattcattaggtcgtcaaacatcatatctttatattctcttctctactttgacaaatcatactatattttcgatctagtgtacatcatattagtagtggctcaatatcatatttatgtccttttgttttcacattttttatttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAGTAAAAAGTTACTTTGAGATGCTTGCCATGGATGAGCATGCATCTGCTTTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcac-tcgagttatacctcatatattgtgtatgatgactgagggtcccattcattaggtcgtcaaacatcatatctttatattctcttctctactttgacaaatcatactatattttcgatctagtgtacatcatattagtagtggctcaatatcatatttatgtccttttgttttcacattttttatttcag
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CAATAAAGAGTTACTTCAAGGAGCTTGCACTTGATGAACATGCATCGTCTTTCTCTAGAGGTCCTGCTGAAGTTTATCAGTGGATTGGTCATCCTAACCAgtaagcctgtagccctgtactatgctgagcttctgtatttaggctgtttcttgtgcat-agtgaattagttatatcaactaaaagagttctcgtgttctca------------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211350211|gb|FL361418.1|FL361418
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTG
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTG
EST: gi|211010892|gb|FL365567.1|FL365567
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACC-AATGAG                         GGCTACCTTTGTGCCGTATG
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTT-GTGCCGTATG
EST: gi|26557289|gb|CA829524.1|CA829524
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGCTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211402413|gb|FL355655.1|FL355655
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211115522|gb|FL311584.1|FL311584
EST:     TTCTCTAGAGGAMCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTG
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTG
EST: gi|211004064|gb|FL319215.1|FL319215
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTT
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211322614|gb|FL345962.1|FL345962
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGC
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGC
EST: gi|78085484|gb|DV513877.1|DV513877
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211520527|gb|FL366338.1|FL366338
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACC-AATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTTAACTGGAGTTGGAG
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTT-AACTGGAGTTGGAG
EST: gi|211359036|gb|FL316883.1|FL316883
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|37422877|gb|CF649154.1|CF649154
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211108624|gb|FL325821.1|FL325821
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211399613|gb|FL346426.1|FL346426
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGT
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGT
EST: gi|211517612|gb|FL357266.1|FL357266
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCCGTATGAAGAGTGGTTTAA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCC-GTATGAAGAGTGGTTTAA
EST: gi|211218803|gb|FL348984.1|FL348984
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211134525|gb|FL362066.1|FL362066
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211131870|gb|FL366543.1|FL366543
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCTAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211303809|gb|FL321304.1|FL321304
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211091699|gb|FL353091.1|FL353091
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCC
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCC
EST: gi|71441001|gb|DR822051.1|DR822051
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211046537|gb|FL332034.1|FL332034
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACC-AATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211231251|gb|FL350932.1|FL350932
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211258210|gb|FL352266.1|FL352266
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211475490|gb|FL344064.1|FL344064
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211267657|gb|FL340177.1|FL340177
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211222348|gb|FL320272.1|FL320272
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACCTGGAGTTGGAG
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAAC-TGGAGTTGGAG
EST: gi|211135362|gb|FL349820.1|FL349820
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|50337804|gb|CO532930.1|CO532930
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
EST: gi|211337796|gb|FL343836.1|FL343836
EST:     TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAG                         GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA
genomic: TTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactc ... tttatttcagGGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGTAAAAAGTTACTTTGAGATGCTTGCCATGGATGAGCATGCATCTGCTTTCTCTAGAGGACCTGCTGAAGCTTTTCAGTGGATTGGGCACCCAATGAGgtaagcactcgagttatacctcatatattgtgtatgatgactgagggtcccattcattaggtcgtcaaacatcatatctttatattctcttctctactttgacaaatcatactatattttcgatctagtgtacatcatattagtagtggctcaatatcatatttatgtccttttgttttcacattttttatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA