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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcaccgtatcgcgtcgcgtcttcagtcttcactgataagcattctcattcacacttggccggtgttcggcgcgtccattctcattctagttcca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G085474_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211388472|gb|FL095521.1|FL095521
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|78114650|gb|DV533038.1|DV533038
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388476|gb|FL095525.1|FL095525
EST:     TAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211388474|gb|FL095523.1|FL095523
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211391118|gb|FL095541.1|FL095541
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|149045418|gb|EE047840.2|EE047840
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|148965113|gb|EE015927.2|EE015927
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|31358163|gb|CD442520.1|CD442520
EST:     TAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211391121|gb|FL095544.1|FL095544
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388481|gb|FL095530.1|FL095530
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211383214|gb|FL095504.1|FL095504
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211385842|gb|FL095512.1|FL095512
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211385836|gb|FL095506.1|FL095506
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211391119|gb|FL095542.1|FL095542
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388478|gb|FL095527.1|FL095527
EST:     TAGTCCCGACCACCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211385845|gb|FL095515.1|FL095515
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211391123|gb|FL095546.1|FL095546
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|149008746|gb|EE040943.2|EE040943
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388484|gb|FL095533.1|FL095533
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211391115|gb|FL095538.1|FL095538
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|37421375|gb|CF648386.1|CF648386
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388483|gb|FL095532.1|FL095532
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211388477|gb|FL095526.1|FL095526
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|29130092|gb|CB380796.1|CB380796
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211385847|gb|FL095517.1|FL095517
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211385837|gb|FL095507.1|FL095507
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211391113|gb|FL095536.1|FL095536
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGG-TGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211385843|gb|FL095513.1|FL095513
EST:     TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAADSGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTT-GGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAA-CGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388475|gb|FL095524.1|FL095524
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGG-TGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
EST: gi|211388482|gb|FL095531.1|FL095531
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|211385838|gb|FL095508.1|FL095508
EST:     TAGTCCCGATCGCCGCCAGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCCA-GAG                         ATGTATGTGTTGTTGGTGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|32863231|gb|CF002913.1|CF002913
EST:     TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCTCCC-AGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
genomic: TAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGC-CCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGT
EST: gi|149050402|gb|EE155650.2|EE155650
EST:     TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAG                         ATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG
genomic: TTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 171

GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTTCCTTGCCCGCAACAAAGCTTGGTTCTATAGCAATTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 141

GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTTCCTTGCCCGCAACAAAGCTTGGTTCTATAGCAATTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 100

GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTTCCTTGCCCGCAACAAAGCTTGGTTCTATAGCAATTGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 407

GTCGCTCGGTGTTGTTAGTCCCGACCGCCGCCGGCCATGGCATCCAACGGCATCGCCCCAAGAGgtactatcac ... ttccttacagATGTATGTGTTGTTGGCGTTGCACGCACCCCTTTGGGTGGTTTCCTTGGTGCCTTGTCTTCCTTGCCCGCAACAAAGCTTGGTTCTATAGCAATTGAAG