1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgctcgatctcttctattcctctcccagggtggggattgggtggccaggaggcttccatggtttttctacttgggtttcgttgctttggtggg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G080917_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520810|gb|FL147604.1|FL147604
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520816|gb|FL147610.1|FL147610
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|148945591|gb|EC890845.2|EC890845
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520809|gb|FL147603.1|FL147603
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455959|gb|FL147587.1|FL147587
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455961|gb|FL147589.1|FL147589
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455967|gb|FL147595.1|FL147595
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520807|gb|FL147601.1|FL147601
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520803|gb|FL147597.1|FL147597
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211523805|gb|FL147613.1|FL147613
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|148997618|gb|EE035837.2|EE035837
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455963|gb|FL147591.1|FL147591
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520815|gb|FL147609.1|FL147609
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|50326049|gb|CO521175.1|CO521175
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520805|gb|FL147599.1|FL147599
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455964|gb|FL147592.1|FL147592
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455965|gb|FL147593.1|FL147593
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520813|gb|FL147607.1|FL147607
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520812|gb|FL147606.1|FL147606
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: GATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGTACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|78106946|gb|DV525364.1|DV525364
genomic: GATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520814|gb|FL147608.1|FL147608
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTWEST: gi|211520811|gb|FL147605.1|FL147605
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211455962|gb|FL147590.1|FL147590
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTAEST: gi|211520806|gb|FL147600.1|FL147600
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
EST: ATGTGGAGAAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAEST: gi|211520808|gb|FL147602.1|FL147602
genomic: ATGTGGAGA-GGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGA
EST: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCG AAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
genomic: ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgc ... ttttgaacagAAAAGGAGAACTTGTGCCTCTATGGCTATCCCGATGAGACATGGGAGGTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGTGGAGAGGTTCTTCAAGCTCTGTGACCCCGgtgagtgcgctcgatctcttctattcctctcccagggtggggattgggtggccaggaggcttccatggtttttctacttgggtttcgttgctttggtggg
- GTGGAG
- TGGAGA
- - GAGAGG
- - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctctccc