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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCAACGGCGCCGACCTCCGCAGCTGCACGATCCGCGCATGCGGCGGCAAGGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcctctcctttcccccgagtcgacgaggctcatttggacgatgcgccggcgctgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G078458_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G078458_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g03676.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TCCAACGGCGCCGACCTCCGCAGCTGCACGATCCGCGCATGCGGCGGCAAGGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgct--------cctctcctttcccccgagtcgacgaggctcatt--------tggacgatgcgccggcgctgtgcag------
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GCCAACGGCGCCGACCTCCGCGGCTGCACGATCCGCCGCTGCGGCCGCGAGGGCTACGGCGTCTTCTCCACCGCCGCC---GAGGCCGGCGCCACCGACGgtaacatttgctattccacctcttctctcggaggttttaggagctcgtcctccgcgctgactcgcgcgttggctgtgtctcgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71298470|gb|DR785213.1|DR785213
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|211047245|gb|FL354513.1|FL354513
EST:     GGGCTTGGGCATCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|71766035|gb|DR963972.1|DR963972
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|78108131|gb|DV526549.1|DV526549
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|101383848|gb|EB813979.1|EB813979
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|211096929|gb|FL366862.1|FL366862
EST:     GGGCTTGGGCATCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCCATGCGGGTG
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCC-ATGCGGGTG
EST: gi|71319933|gb|DR796728.1|DR796728
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|148973503|gb|EE024603.2|EE024603
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|74241324|gb|DT649238.1|DT649238
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|71330009|gb|DR801742.1|DR801742
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
EST: gi|37421956|gb|CF648682.1|CF648682
EST:     GGGCTTGGGCGTCTTCTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACG                         GGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC
genomic: GGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcc ... cgctgtgcagGGGTGGCGATGGTGGTACCGCTCGATCTCGCCATCACGCCCATGCGGGTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TCCAACGGCGCCGACCTCCGCAGCTGCACGATCCGCGCATGCGGCGGCAAGGGCTTGGGGGTTTTTTCCACCGCCGCCCCCGAGCCGGGCTCCAACGACGgtaacgctcctctcctttcccccgagtcgacgaggctcatttggacgatgcgccggcgctgtgcag

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