Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|18661874|gb|BM501626.1|BM501626EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGG
EST:
gi|211512000|gb|FL197080.1|FL197080EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|9254179|gb|BE344647.1|BE344647EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGCTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211374869|gb|FL197001.1|FL197001EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|9952937|gb|BE639520.1|BE639520EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211507278|gb|FL197062.1|FL197062EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGC-TGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
EST:
gi|211372204|gb|FL196985.1|FL196985EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|148991020|gb|EE032461.2|EE032461EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211504914|gb|FL197044.1|FL197044EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|148933725|gb|EC877641.2|EC877641EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCCCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211502560|gb|FL197032.1|FL197032EST: GGCTGAGTCCCTCCGCTANCA-GCTCCTCGGAGGCCTTGCCCGTC-GGAG GGGCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: GGCTGAGTCCCTCCGCTA-CAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCC-GTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC
EST:
gi|84351642|gb|DW246047.1|DW246047EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAAGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|15053894|gb|BI359439.1|BI359439EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGTCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|148956519|gb|EC902358.2|EC902358EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC
EST:
gi|211372206|gb|FL196987.1|FL196987EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTNGT-ATGGAGAGTGGTGC-AAGGGGT
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTT-GTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTT
EST:
gi|211372200|gb|FL196981.1|FL196981EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGKTCTTCGCTTTGKTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211128259|gb|FL391803.1|FL391803EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGC-ATGGTGTTCTTCGCTTTGT-ATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|211374868|gb|FL197000.1|FL197000EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGKGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST:
gi|71318882|gb|DR796199.1|DR796199EST: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 4 RNA-Seq libraries.
Block sizes:
49 (upstream exon),
48 (downstream exon)
Score:
150TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA
Block sizes:
46 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
104TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA
Block sizes:
47 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
119TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA
Block sizes:
48 (upstream exon),
48 (downstream exon)
Score:
64TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA