Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074300_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagg-gtctgttcattttctgatgattggtgaatgcat----gtcga-cagccttatttgttctaatacag
                                             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||| || ||  |      ||| ||  |  ||||  || ||  |  |||    || || | |     ||| |||| || |||
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttc-cttgtacaataaaaattacatgtgcaaatg-tgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcag

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt----tagtgctcctgtgcactatgagggtctg----ttcattttctgatgattggtgaatgcat---gtcg-acagccttatttgttctaatacag--
                                             ||| || || || || ||  | ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    | |  | |       |||| |    | |    |  | ||| | | | |     ||    |    | | | |   ||||      ||||  |   
---------------------------------------------GGCTTGTTACGGAGTGCTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatgattggtccctcaactgctatcatttcccgaaaatgtactttttaaagttaaagaaacatgttagattgcaaaaaattatgctcggtaatgtaacg

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S31_178V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcatt------ttctgat-gattggtgaatgcatgtcgacagccttatt--tgttctaatacag------
                                             ||| |||||||| || ||  | ||  | |||||||| ||||||||||||||||||||  |    ||| | |   |||  | |     ||||      || || |  | || || |   | || ||||| | |||   |||  |  | |        
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGCTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtatggtaacctctactggatgtagtttgagccattgaaacgttttgtttaactgatggaccta-gtggacagtcgtatgaatgtatttttgcgaaatatc

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S41_146V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcc------tgtgcactatgagggtctgttcattttctgatg--attggtgaat--gcatgtcgacagccttatttgttctaatacag-------
                                             ||| |||||||| ||  |  | ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||  |  ||       | || ||| ||||   ||| || ||   || ||  |||     ||   | |    | ||    || |  || |||||         
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGTTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttgttattctctactttatgtactttgaga--ctgatctttgaatggtgtaattaactgattaacctactaatagaaacatat-ctcgaatacgtgaatttt

upper sequence: GRMZM2G074300_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S136_175V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgt-tagtgctcctgtgc-----actatgagggtctgttcattttct--gatgattggtgaatg-catgtc------gacagccttatttgttctaatacag
                                             ||| |||||||| || ||  | ||  | |||||||| ||||||||||||||||||||   |||  | |||||     | | ||   | |  |  |||   |  | |  |   | | ||  |||||      |||  ||| |     || ||  || 
---------------------------------------------GGCTTGCTATGGAGTGCTGAGGTTCATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtactgtgaccatgtgcttgatattttggaagccattgtattcctttgggtattcatttagtgatatgtcattccggacgccctaaaaaactccaa-gcat

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21988014|gb|BQ779542.1|BQ779542
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|110195743|gb|EC877640.1|EC877640
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|5455784|gb|AI833474.1|AI833474
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|15053893|gb|BI359438.1|BI359438
EST:     GCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29576817|gb|CB616929.1|CB616929
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211129665|gb|FL448923.1|FL448923
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211286416|gb|FL307757.1|FL307757
EST:     TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|28568922|gb|CB280797.1|CB280797
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTGTGAG                         GTCCTTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCCTGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|37397796|gb|CF636206.1|CF636206
EST:     GGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|211289717|gb|FL361719.1|FL361719
EST:     TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAG-CAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|111193194|gb|EE291330.1|EE291330
EST:     GTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|29129878|gb|CB380582.1|CB380582
EST:     TCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTCCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: TCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|4886195|gb|AI677315.1|AI677315
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: gi|6127310|gb|AW129835.1|AW129835
EST:     GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctc ... tctaatacagGTCATTGTGAGTGGAAAGCTCAGGGCTCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGTTAGTCTAGTTCTCCTTACTAACATGCTTGTTTTGTCGGCAGGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgttagtgctcctgtgcactatgagggtctgttcattttctgatgattggtgaatgcatgtcgacagccttatttgttctaatacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA