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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G074300_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataac---ttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgct-tgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg
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TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcactcctttcaattgctacttcgctttgttgtcatggaggatgcatctgtgatgggatcttgtggtgcaacgtactagttgt----tttagttggtta

upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EDP07493 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 3
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgta--taact-tgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctg-attttgatgtgcttgctactacttataatt-tgtatattcttgttcgttg
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TTGAGCTGTACGCTGAGAAGGTCAGCGACCGTGGTCTGTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCGCTGCGCTACAAGCTGCTGGGTGGCCTGGCCGTGCGCCGgtgagcagctgcgaggagagggtgttggggttgcggtgtagagggaaacggcaggaccgcgaagcgttgggggtggcaagggagggcacgaaaccgcatt-----

upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ34676 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg
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TGGAGCTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACCGTGGCCTCTGCGCCATCGCTCAAGCCGAGTCTTTGCGATACAAGCTCCTGGGAGGACTGGCCGTCCGAAGgtttgattt-------ttctttcttttttggccttggtgctcag--------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ31296 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg
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TGGAGCTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACCGTGGCCTCTGCGCCATCGCTCAAGCCGAGTCTTTGCGATACAAGCTCCTGGGAGGACTGGCCGTCCGAAGgtttgatttt------tctttcttttttggccttggtgctaagagttctctacttcgtcag---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ34304 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg
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TGGAGCTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACCGTGGCCTCTGCGCCATCGCTCAAGCCGAGTCTTTGCGATACAAGCTCCTGGGAGGACTGGCCGTCCGAAGgtttgatttt------tctttcttttttggccttggtgctaagagttctctactttgtcag---------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ31038 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3
TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg
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TGGAGCTGTATGCCGAGAAGGTGAACAACCGTGGCCTCTGCGCCATCGCTCAAGCCGAGTCTTTGCGATACAAGCTCCTGGGAGGACTGGCCGTCCGAAGgtttgatttt------tctttcttttttggccttggtgctaagacttctctacttcgtcag---------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211264435|gb|FL070938.1|FL070938
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGTCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|22546268|gb|BU098579.1|BU098579
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAAGTGGTGCCAAGGGTT
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGA-GTGGTGCCAAGGGTT
EST: gi|26457601|gb|CA829184.1|CA829184
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211507270|gb|FL197054.1|FL197054
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|37424890|gb|CF650179.1|CF650179
EST:     CTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148933725|gb|EC877641.2|EC877641
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCCCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCCAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|18661874|gb|BM501626.1|BM501626
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGG
EST: gi|211374869|gb|FL197001.1|FL197001
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|4874453|gb|AI673973.1|AI673973
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTCCAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|32164835|gb|CD670153.1|CD670153
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|9254109|gb|BE344577.1|BE344577
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|27522126|gb|CA989232.1|CA989232
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211514357|gb|FL197096.1|FL197096
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211512006|gb|FL197086.1|FL197086
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|9254179|gb|BE344647.1|BE344647
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGCTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|29576818|gb|CB616930.1|CB616930
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211507278|gb|FL197062.1|FL197062
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGC-TGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGC
EST: gi|32864638|gb|CF004320.1|CF004320
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|76284526|gb|DV024094.1|DV024094
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|32850480|gb|CD990161.1|CD990161
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTCCAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGCCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211507269|gb|FL197053.1|FL197053
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|15053894|gb|BI359439.1|BI359439
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGTCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGCGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|22546706|gb|BU099017.1|BU099017
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148991020|gb|EE032461.2|EE032461
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|21626375|gb|BQ621296.1|BQ621296
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211369553|gb|FL196974.1|FL196974
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211372204|gb|FL196985.1|FL196985
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|29947264|gb|CB816565.1|CB816565
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|6918465|gb|AW399995.1|AW399995
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211502560|gb|FL197032.1|FL197032
EST:     GGCTGAGTCCCTCCGCTANCA-GCTCCTCGGAGGCCTTGCCCGTC-GGAG                         GGGCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: GGCTGAGTCCCTCCGCTA-CAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCC-GTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC
EST: gi|211374868|gb|FL197000.1|FL197000
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGKGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|148956519|gb|EC902358.2|EC902358
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTC
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTC
EST: gi|22545535|gb|BU097894.1|BU097894
EST:     CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAG                         GGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|211504914|gb|FL197044.1|FL197044
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genomic: CAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
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genomic: AGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTG-CCGTCCGGAGgtataacttg ... ttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|28930830|gb|CB334191.1|CB334191
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCGCAGGCTGAGTCCCTCCGCTACAAGCTCCTCGGAGGCCTTGCCGTCCGGAGgtataacttgataagaccctactccctaccagctagctgtgtgatttgctgattttgatgtgcttgctactacttataatttgtatattcttgttcgttg

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccctacc