Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggtcagatgaattcggcgagagcaattcttgatttgctgtttcaaattggctagtgcaaaactgacaaaaagctacagctaggagcttgtctg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073774_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g06460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggtcagatgaatt-cggcgagagcaattcttgatttgctgt-ttcaaattggctagtgcaaaactgacaaaaagctacagctaggagcttgtctg--
|||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || |  |||||||| | ||   |||   ||||  |||| ||| || ||| | |  | |     ||  | || ||   |||  |  | |    | |   
TGTAAACAGAGGTTGTGTCCCATCAAAAGCACTTCTTGCTGTCAGCGGTCGCATGAGGGAGCTTCATGATGAACATCACATGAAGTCATTGGGTCTACAGgtattttgtttggatgaattactgcattagc--ctctttgtttgatgtgttgaaacttgaaaatagttcac--ataacaattgacaaatgagtggacttttaaa

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G16950.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaa-----------tgtggtcagatgaattcggcgagagcaattcttgatttg------ctgtttcaaattg-gctagtgcaaaactgacaaaa-agctacagctaggagcttgtctg---------------------
||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||||| || ||||| |||||||           |||  || | | ||    || ||     |  ||| | ||       |||   | || | |||||| ||  | | ||  |  | ||    |||     | || |                      
TGTTAACAGAGGATGTGTGCCTTCTAAAGCTCTTCTTGCTGTTAGTGGTCGAATGCGGGAACTTCAGAACGAACATCACATGAAGTCCTTTGGTCTCCAGgtaaatatcaactcatgttctctgtttaaagttgcaagctttgtctttggtgtgaaatggttgtagaagatcgagctagttcaggaattactcattacctttcactatcttatggtttttggttttcctttgggaaacag

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0060g01410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgt-aatgtggtca-gatga--attcggcgagagcaattc-ttgatttgctgtttcaaattggct--agtgcaaaactgacaaaaagct-acagctaggagcttgtctg
||| ||| | |||||||| || || ||| | || |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||| ||| |  | | |||||  ||| |   |    |      |  ||||||  |  || |||| |    | |  | | || |||   || | || | |           
TGTGAACTGGGGCTGTGTTCCTTCCAAAACTCTCCTTGCTGTGAGTGGGCGAATGCGGGAGCTTCAGGATGAGCATCACATGAAGGCTTTTGGTTTACAGgtgaatatccttaagatgataatttgaataatatatcaagcttctttgcttctcaaacttggttttgattctgatcagataaacctctcatagttcgagt--------

upper sequence: GRMZM2G073774_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0077g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggtcagatgaattcggcgagagcaattcttgatttgctgtttcaaattggctagtgcaaaactgacaaaaagctacagctaggagcttgtctg-------
|||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||   ||| |||||  ||||| |||||||| | ||||||||    | |    | |||  | ||     || ||||         | ||    |  |   ||||      || |    |    |  |   |||| |        
TGTAAACAGAGGTTGTGTTCCTTCTAAAGCTCTTCTGGCTGTAAGTGGTCGAATGCGGGAACTTCAGAGTGAGCATCACTTGAAGGCTTTGGGTTTGCAGgtaatagaataatcacagttcatcaag-----tttttgaagcataaacttaacacagaca--acaaattccgaaatataacatcattgtgctattgttttatactga

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76930812|gb|DV172515.1|DV172515
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514679|gb|FL210543.1|FL210543
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|74241377|gb|DT649291.1|DT649291
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148935731|gb|EC879774.2|EC879774
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|93015718|gb|EB641238.1|EB641238
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGGTGCTGATCATGCAAACAA
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCC-TCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAA
EST: gi|211514677|gb|FL210541.1|FL210541
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|67016819|gb|CO445568.1|CO445568
EST:     TAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149080928|gb|EE170014.2|EE170014
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149105215|gb|EE290703.2|EE290703
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|71305164|gb|DR788719.1|DR788719
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514673|gb|FL210537.1|FL210537
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514680|gb|FL210544.1|FL210544
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149109075|gb|EE189994.2|EE189994
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211514674|gb|FL210538.1|FL210538
EST:     GAATGCGGNAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|6021434|gb|AW066362.1|AW066362
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTG
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTG
EST: gi|71444407|gb|DR825457.1|DR825457
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148974340|gb|EE025114.2|EE025114
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|211517024|gb|FL210545.1|FL210545
EST:     GAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148962188|gb|EE013003.2|EE013003
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|148969109|gb|EE019845.2|EE019845
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149014894|gb|EE044611.2|EE044611
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
EST: gi|149086903|gb|EE176446.2|EE176446
EST:     GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAG                         GTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT
genomic: GAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 99

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 86

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 60

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 194

TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggt ... cttgtaacagGTTTCCTCTCCTGGATATGACAGACAAGCTGTTGCTGATCATGCAAACAATCTTGCCTCGAAAATCCGTATCAACTTGACTAACTCAATGAAAGCTCTAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTAAACAGAGGCTGTGTCCCATCGAAAGCGCTTCTTGCTGTCAGCGGTCGAATGCGGGAGCTTCATGATGAACATCATATGAAGTCTTTGGGTCTACAGgtaatgtggtcagatgaattcggcgagagcaattcttgatttgctgtttcaaattggctagtgcaaaactgacaaaaagctacagctaggagcttgtctg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT