Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCCCTCGACTTCGCGGCATGGAGCTTCAATGTCACCACGTCGGTCGGACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgtgctctgctcacctggtgatttgtaatttatcgtcatacatgaatatattatatatctgactctcacctctggcctcttgctcttgtgctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G071378_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G071378_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g05830.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCCGCCCTCGACTTCGCGGCATGGAGCTTCAATGTCACCACGTCGGTCGGACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgtgctctgctcacctggtgatttgtaatttatcgtcatac-atgaatatattatatatctgactctcacctctggcctcttgctcttgtgctt--
   |  || || || ||||||||||| |||||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||  |  |||    ||||  | |      |  |  ||  |  |  |   ||||  || || |||    | ||  |   || |   |||   |      ||   
AAGGTGCTGGATTTTGCGGCATGGAGTTTCAACATCACCACGTCTGTTGGAATCATCATGGTCAACAAGGCTCTGATGGCTACGCATGGATTCAGTTTCGgtgtgtgtgttacttgctaccttcagatatcttggttctttattttgtgatgatgatgttttattctaggcttac---tccgtgttctgaatgacaaactagc

upper sequence: GRMZM2G071378_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os12g05780.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCCGCCCTCGACTTCGCGGCATGGAGCTTCAATGTCACCACGTCGGTCGGACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgtgctctgctcacctggtgatttgtaatttatcgt----catacatgaatatattatatatctgactctc--acctctggcctcttgctcttgtgctt
   |  || || || ||||||||||| |||||  ||||||| || || ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| |||| |  |    | |||| ||||   ||| | || ||| |  |     || |  |  ||     | |    |  |  |  || |   |  |  || | || |  | 
AAGGTGCTAGATTTTGCGGCATGGAGTTTCAACATCACCACATCCGTTGGAATCATCATGGTCAACAAGGCTCTGATGGCTACACATGGATTCAGTTTCGgtatgttt----tttgct-accttaagatatatattttgtgatgttttattccaggctactccgtgttctgggatgacaaacttgcagtattatgttgttttagt-

upper sequence: GRMZM2G071378_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g01860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GCCGCCCTCGACTTCGCGGCATGGAGCTTCAATGTCACCACGTCGGTCGGACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgtgct--ctgctcacctggtgatttgtaatttatcgtcatacatgaatatattatatatctgactctcacctctggcctcttgctcttgtgctt-
||  |  | ||    || |||||||  ||||||||   ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||| | |  |  |  ||    |||       || ||||  ||  | ||       |||||||   ||  ||   |      ||   | |  ||  ||   || 
GCAACTGTTGATGCTGCCGCATGGATGTTCAATGTTGTCACTTCGGTTGGAATCATTATGGTCAACAAAGCCTTAATGGCTACATATGGATTCAGTTTTGgtatgtccctcatgactatcaacccacacgctt-taatcaat--ttatcagcctttatattactcatacgatagttctaaatgcattgtgtcttatgcatttc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71309814|gb|DR791189.1|DR791189
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|60394732|gb|DN227602.1|DN227602
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|149076589|gb|EE165223.2|EE165223
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324149|gb|FL195965.1|FL195965
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCA
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATT-
EST: gi|148931458|gb|EC874447.2|EC874447
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324154|gb|FL195970.1|FL195970
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324155|gb|FL195971.1|FL195971
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGAC
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGAC
EST: gi|149078292|gb|EE167056.2|EE167056
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324147|gb|FL195963.1|FL195963
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGAC-ACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324153|gb|FL195969.1|FL195969
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|148968976|gb|EE019670.2|EE019670
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324145|gb|FL195961.1|FL195961
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGAC
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGAC
EST: gi|211324144|gb|FL195960.1|FL195960
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|67041554|gb|CO467809.1|CO467809
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|76282823|gb|DV022391.1|DV022391
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211324143|gb|FL195959.1|FL195959
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|211321984|gb|FL195958.1|FL195958
EST:     CTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATCG
genomic: CTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGG-ATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
EST: gi|71446961|gb|DR828011.1|DR828011
EST:     ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTG                         CCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG
genomic: ACTCATCATGGTCAACAAGGCGTTGATGGCTACGTATGGATTCAGTTTTGgtacgcctgt ... ttttttccagCCACGACATTAACTGGGCTTCATTTTGTGACCACTACCTTGATGACTATTG