1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AAGGGATCGTCCTGATCTGACTGCACCTGAAAGTTTACAACTATATCTTGATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttccataacttgcgtattttaatccatataagtgccacattccttgaattgctactgaacataccatcttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G070487_T04 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAGEST: gi|32931023|gb|CF035835.1|CF035835
genomic: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
EST: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAGEST: gi|211439614|gb|FL412935.1|FL412935
genomic: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
EST: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAGEST: gi|211300923|gb|FL387923.1|FL387923
genomic: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
EST: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAGEST: gi|211019429|gb|FL375794.1|FL375794
genomic: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
EST: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAGEST: gi|32945556|gb|CF050375.1|CF050375
genomic: ATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
EST: ACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAG GAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
genomic: ACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttcca ... catcttgcagGAAGCCTTCCGATCCGTGGAAGATATCCATGGTCTGATGAGCATGGTGAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGGGATCGTCCTGATCTGACTGCACCTGAAAGTTTACAACTATATCTTGATACACGTGTTGAGCAGCTTAAAGTTGCTACAGAGCTTTGCCTTTGGCAGgtttgttccataacttgcgtattttaatccatataagtgccacattccttgaattgctactgaacataccatcttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT