Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgccggacttggttcctctccctctttttttttccttccatttgtgctgctcgtatgttcgtgctaagcttcgcttttcactgtatgccgatct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063864_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211089671|gb|FL143709.1|FL143709
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|5567021|gb|AI881932.1|AI881932
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211541755|gb|FL143681.1|FL143681
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|28909913|gb|CB331162.1|CB331162
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148956927|gb|EC902857.2|EC902857
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|31360935|gb|CD445292.1|CD445292
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211541758|gb|FL143684.1|FL143684
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148973532|gb|EE024632.2|EE024632
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|67015174|gb|CO443923.1|CO443923
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|31441001|gb|CD510432.1|CD510432
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211273111|gb|FL373250.1|FL373250
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|91056115|gb|EB166533.1|EB166533
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538738|gb|FL143667.1|FL143667
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|30705614|gb|CD058845.1|CD058845
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148943443|gb|EC888502.2|EC888502
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087221|gb|FL143694.1|FL143694
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|22472296|gb|BU036776.1|BU036776
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|21432175|gb|BQ547665.1|BQ547665
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|28909531|gb|CB330977.1|CB330977
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|74233488|gb|DT641402.1|DT641402
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|37421141|gb|CF648268.1|CF648268
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087222|gb|FL143695.1|FL143695
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211405597|gb|FL390184.1|FL390184
EST:     ATGT-GAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148942470|gb|EC887488.2|EC887488
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211488746|gb|FL429925.1|FL429925
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087220|gb|FL143693.1|FL143693
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|26558205|gb|CA830440.1|CA830440
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|31441082|gb|CD510513.1|CD510513
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|149081993|gb|EE171161.2|EE171161
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|26558541|gb|CA830776.1|CA830776
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089669|gb|FL143707.1|FL143707
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|40335649|gb|CK369719.1|CK369719
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089673|gb|FL143711.1|FL143711
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|22472098|gb|BU036578.1|BU036578
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|22133724|gb|BQ833869.1|BQ833869
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|87156313|gb|DY401102.1|DY401102
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|60343509|gb|DN210482.1|DN210482
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|67022293|gb|CO451042.1|CO451042
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|93013611|gb|EB639131.1|EB639131
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|20802891|gb|BQ293926.1|BQ293926
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCTAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089667|gb|FL143705.1|FL143705
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538741|gb|FL143670.1|FL143670
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089668|gb|FL143706.1|FL143706
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089672|gb|FL143710.1|FL143710
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148963054|gb|EE014007.2|EE014007
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087218|gb|FL143691.1|FL143691
EST:     ATGT-GAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538739|gb|FL143668.1|FL143668
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|71757175|gb|DR955112.1|DR955112
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|148966200|gb|EE017149.2|EE017149
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|76019816|gb|DT946986.1|DT946986
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|50337566|gb|CO532692.1|CO532692
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087228|gb|FL143701.1|FL143701
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|23357493|gb|BU645142.1|BU645142
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538744|gb|FL143673.1|FL143673
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087231|gb|FL143704.1|FL143704
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|91874786|gb|EB404743.1|EB404743
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538740|gb|FL143669.1|FL143669
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211541757|gb|FL143683.1|FL143683
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211448345|gb|FL416386.1|FL416386
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|213174383|gb|FM184210.1|FM184210
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211541760|gb|FL143686.1|FL143686
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|101395826|gb|EB819840.1|EB819840
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538737|gb|FL143666.1|FL143666
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|91867783|gb|EB399794.1|EB399794
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087225|gb|FL143698.1|FL143698
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211538743|gb|FL143672.1|FL143672
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211541762|gb|FL143688.1|FL143688
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089679|gb|FL143717.1|FL143717
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|21809488|gb|BQ667806.1|BQ667806
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211087229|gb|FL143702.1|FL143702
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|30087500|gb|CB885706.1|CB885706
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGTTATTTTT
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|26456376|gb|CA827959.1|CA827959
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
EST: gi|211089676|gb|FL143714.1|FL143714
EST:     ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAG                         AGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA
genomic: ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 33 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1471

ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGG


Block sizes: 33 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 365

ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGG


Block sizes: 33 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 395

ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGG


Block sizes: 33 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 262

ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgcc ... cttatgccagAGAAAGAGAACTTGTGCCTTTATGGTTTGCCAAATGAGACTTGGGAGGTCACTCTTCCAGCTGAGGAAGTACCTCCTGAGCTTCCAGAACCAGCACTGGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGTGGAGAAGTTCTATCAGCAGTGCGATCCAGgtgacgcgccggacttggttcctctccctctttttttttccttccatttgtgctgctcgtatgttcgtgctaagcttcgcttttcactgtatgccgatct

- GTGGAG
-  TGGAGA
- - GGAGAA
- - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctctccc