1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
AATGGCTACTGATTTGAATAGTCTTACTATTGTTCCTGGTGTGAGTTCTGGCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgccacctttctgtttgtcataaatattttgctacaatacaataccagtacctcacctgttgccttgataacaggtctctatgagagtgtcatct...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G061732_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTACTTAAAGTTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|19822353|gb|BQ048377.1|BQ048377
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTACTTAAAGTTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTACEST: gi|26455929|gb|CA827512.1|CA827512
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTAC
EST: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAG ATGAATACCCTGGGGTCGCTACTTAAAGTTTGCCATCAGCTTCCTGATAAAEST: gi|113701149|gb|EE678653.1|EE678653
genomic: GCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgcca ... atttatgcagATGAATACCCTGGGGTCGCTACTTAAAGTTTGCCATCAGCTTCCTGATAAA
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGGCTACTGATTTGAATAGTCTTACTATTGTTCCTGGTGTGAGTTCTGGCGAAGGCTGCTCCATTCATGGTGGTTGTGCCTCGTGTCCCTACATGAAGgttggtgccacctttctgtttgtcataaatattttgctacaatacaataccagtacctcacctgttgccttgataacaggtctctatgagagtgtcatct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG