Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatttgcttcactgtcagctgtatgaggttttgaatcttaagtaggagtggctgcattacttaacctctgatttggtaccatgcttcagtagtg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060870_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060870_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os02g40890.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatttgcttcactgtcagctgtatgaggttttgaatcttaagtaggagtggctgcattacttaacctctgatttggtaccatgcttcagtagtg-----
|| ||||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    ||   |  |  |   | |         |||  || |   |     ||  |   |||||  |  | |  ||  ||||   | |  || |||      
ACTCCCTCGTTGGAGGGTATGAAGCATGTTAAGTCAGAGAGCAGTGTCATACTCACCAAGCCCTTTCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTTTTGGgtaactgtctttgatttccatattcagatcagtagcttggttccttttttaatttgtat---ttact--atgtttagttcagtactgcggtggagcagtaaatgg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211301820|gb|FK983372.1|FK983372
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|32832496|gb|CD972174.1|CD972174
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211377987|gb|FK983378.1|FK983378
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301817|gb|FK983369.1|FK983369
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301822|gb|FK983374.1|FK983374
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|32867862|gb|CF007544.1|CF007544
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|45567822|gb|CK985763.1|CK985763
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|78113898|gb|DV532287.1|DV532287
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|22542222|gb|BU092660.1|BU092660
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211377984|gb|FK983375.1|FK983375
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|60401114|gb|DN233921.1|DN233921
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|6223799|gb|AW154930.1|AW154930
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301814|gb|FK983366.1|FK983366
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301815|gb|FK983367.1|FK983367
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|32866745|gb|CF006427.1|CF006427
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211377989|gb|FK983380.1|FK983380
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211453293|gb|FL230455.1|FL230455
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|87157246|gb|DY402035.1|DY402035
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|26559123|gb|CA831358.1|CA831358
EST:     CTCAACAAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: CTC-ACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|60401080|gb|DN233887.1|DN233887
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|31359252|gb|CD443609.1|CD443609
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301812|gb|FK983364.1|FK983364
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301816|gb|FK983368.1|FK983368
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211301818|gb|FK983370.1|FK983370
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|6223801|gb|AW154932.1|AW154932
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211377986|gb|FK983377.1|FK983377
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211453296|gb|FL230458.1|FL230458
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|6223798|gb|AW154929.1|AW154929
EST:     TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCATATCTTGCCTGTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
genomic: TCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATA
EST: gi|211296159|gb|FL473353.1|FL473353
EST:     TCTTGCCTTTCCTGG                         ATAAATTTGGAGCTGGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAAT
genomic: TCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCT-GCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 135

ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 238

ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 214

ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 233

ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatt ... tatgcaccagATAAATTTGGAGCTGCTATGGCAATTGTAAAGAATGATATCAGCGGCAATATCACA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACCCCCTCTTTGGAAGGGATGAAGCATGTGAAGGCAGAGAACGGAGTCATTCTCACCAAGCCCTTCCTTGATGTCTGCAAGCAAATCTTGCCTGTCCTGGgtaacacatttgcttcactgtcagctgtatgaggttttgaatcttaagtaggagtggctgcattacttaacctctgatttggtaccatgcttcagtagtg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA