Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatgtaaatgctttcaggcttctcttttctgttacatgacaaattttagtttagtgatatcttgtccgtgttgtcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060357_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78180333|gb|DV550706.1|DV550706
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|8577184|gb|BE129821.1|BE129821
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148938242|gb|EC882533.2|EC882533
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354978|gb|FL245103.1|FL245103
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|60354340|gb|DN221313.1|DN221313
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275486|gb|FL301567.1|FL301567
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273679|gb|FL301561.1|FL301561
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|32866290|gb|CF005972.1|CF005972
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273672|gb|FL301554.1|FL301554
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275485|gb|FL301566.1|FL301566
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273675|gb|FL301557.1|FL301557
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273682|gb|FL301564.1|FL301564
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|28187673|gb|CB179283.1|CB179283
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAG
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGG-TACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAG
EST: gi|32865638|gb|CF005320.1|CF005320
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149009145|gb|EE041281.2|EE041281
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273676|gb|FL301558.1|FL301558
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352577|gb|FL245095.1|FL245095
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|1366564|gb|W59826.1|W59826
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354976|gb|FL245101.1|FL245101
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148959552|gb|EC905522.2|EC905522
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148941514|gb|EC886445.2|EC886445
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352579|gb|FL245097.1|FL245097
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275490|gb|FL301571.1|FL301571
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|37400916|gb|CF637818.1|CF637818
EST:     CGTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATNATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATTATGACACAACTAAGC
genomic: CGTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|50323464|gb|CO518590.1|CO518590
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352575|gb|FL245093.1|FL245093
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273673|gb|FL301555.1|FL301555
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275484|gb|FL301565.1|FL301565
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149106897|gb|EE188797.2|EE188797
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|71436474|gb|DR817524.1|DR817524
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211273674|gb|FL301556.1|FL301556
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|22472656|gb|BU037136.1|BU037136
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|149080500|gb|EE169531.2|EE169531
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|12047248|gb|BF729387.1|BF729387
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148994879|gb|EE034279.2|EE034279
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|87156548|gb|DY401337.1|DY401337
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211354977|gb|FL245102.1|FL245102
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352580|gb|FL245098.1|FL245098
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|148957898|gb|EC904053.2|EC904053
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211275489|gb|FL301570.1|FL301570
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
EST: gi|211352576|gb|FL245094.1|FL245094
EST:     GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAG                         CTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC
genomic: GTTCACCCTGTTCTTATGCTTATCGGTTATGTTATTATCGGCGGTGAAGgtaaatgatg ... gtgttgtcagCTATAATGGTGTACAGGGTACTTCCAACATCGAATCATGACACAACTAAGC