Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacatctatgtcaaatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattttaacatatgttttgttgcagacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacatctatgtcaaatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattt-taacatatgttttgttgcagacag
|||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||  | |||  |||||||||||     | |  |||||||||  ||  || || | ||    || | |||| | | ||||||  |||    
GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATGAGTCTCTTCTGAATGAGGCTTTGCGGCGAACAATTgtgagtacataatacttagctgaaaactggagtatttatgttggagcccatctgtaacttgtattttgt-acag----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211458006|gb|FL008445.1|FL008445
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211460518|gb|FL008446.1|FL008446
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagAC-G--G-ACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|211460519|gb|FL008447.1|FL008447
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagAC-G--G-ACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|211458005|gb|FL008444.1|FL008444
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACAGACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagAC-G--G-ACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGG
EST: gi|148967100|gb|EE018271.2|EE018271
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGACGCCTTGCGATGGACAGCT                         ACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacagACGGACAAAAGAAAGATCTATGGTCACCCTTGCCATATCAGGGGTGGAAAC
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|74236036|gb|DT643950.1|DT643950
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-
EST: gi|31359449|gb|CD443806.1|CD443806
EST:     CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCT                         A
genomic: CTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacat ... ttgcagacag-

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTGGAATGCCCCTAAGCCAATGCATCCTTCTCTTTTGAATGAGGCCTTGCGATGGACAGCTgtgagtacatctatgtcaaatgaaaactgctgtcattgtggttgatgatattttaacatatgttttgttgcagacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA