Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056572_T05
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g56450.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgt----acggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||| || | | |||| || | || | | | | | || | | | | ||| || ||||
GCGAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCTTCCATGGAAGACTTTTACGAGACAAGAATTGACTCTGTTGATGGGCAGATTATTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatgtatgaatttgtcacattcgtgcataatctctacccattgataattctttatcattttagaaaggaacatttctaagattacactcttccaagttt----------

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g56450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
----------------------------GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||| | ||||||||| ||||| ||||
CCAGAATGGTaagtttagctatgggtatgcgagctcccctggtaaaagggcttccatggaagacttttacgagacaagaattgactctgttgatgggcagattattgg------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G06250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaa-gccagcatgattt---agttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| ||||| ||||| || || | || |||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| ||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||| | | | ||| | | | | || | ||| || | ||| | || ||| | | | | || | |||| ||||| | |||
GCTAGCTCTCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGAAGGTGAAATTGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatgtttataccttcctgtcttcttcatctccaggttgtaca--ctgattggaaa--acatgccaaaatattgcacgtagaactcatg--ctatgttactcctgt----

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttc-tgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| ||||||||||| || || | || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||| |||| | | | ||| | | | | | || |||| | | | || |||| | | || |||
GCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtat--atttacataattctctcat--ctccatgtccttgtatccatgctacttatgttaagaaaagatgctaagatgatgattgtagttgtacattaattgat---

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA17G33690.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttc-tgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| ||||||||||| || || | || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||| | | | | | | | | | | || |||| | | | | || |||| | | || |||
GCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAAATTGTTGGCCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtatatgtacat----aattctctcgtctccatgtccttgtatccatgctacttacgttaagaaaagatgctaagatgatggttgtagttgtacattaattgga---

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G06310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagc----cagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag
|| ||||| ||||| || || | || |||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||| | | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| | | ||| | ||| || | ||| | || | | | || | | || | |||| | || || | ||
GCTAGCTCTCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGATGGTGAAGTCGTTGGCCTTTTCGGAGTTTTTGATGgtatatttttatcttcctctcttcttcatctcctggttgtaca--ctgattggaaaatatgccaaaatattgtacgta--gaactcatgctatgtg-ttcttctg-----

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G10740.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgta-cggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggc-ctatggtttgtttgtgtag
||||||||| |||| || || |||| ||||||||||| | ||| || | || || || | |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| | || || | | | || | | | | ||||| || || | | | | | | | | | | |
GCAAGCTCCGCTGGCAAGAGATCATCTATGGAAGACTTTTTTGAAACTAGGATCGACGGTATCAATGGAGAAATAGTTGGTCTATTTGGAGTTTTTGATGgtatcttccctctctgttcttaacaagaacttat-acattactcttgagaaacttagcctggtttatgaatcctgatagttcatttgtgccaggagtcatg-------

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttct-ttctgatcccatggcctatggttt-gtttgtgtag
|| || || || || |||||| | || |||||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || | | | | | || || | |||| ||| ||| || | ||||| | | || |||| | | |||| |
GCTAGTTCTCCCGGGAAAAGGTCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGAAGGAGAGATAGTTGGCCTTTTTGGAGTCTTTGATGgtactctttctttctctttctctctcttctacccatcc--cccaa---caacactcaagcataggtaggtagattctg--catgcagtctttggtgtagcttgtatc-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|31406344|gb|CD485076.1|CD485076
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGGGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211062962|gb|FL387714.1|FL387714
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGCCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|32796634|gb|CD948870.1|CD948870
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTA
EST: gi|37425087|gb|CF650279.1|CF650279
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211187859|gb|FL425729.1|FL425729
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211113689|gb|FL397728.1|FL397728
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211209068|gb|FL368391.1|FL368391
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|211142820|gb|FL374557.1|FL374557
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
EST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
EST:     AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATG                         GTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA
genomic: AATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggattt ... gtttgtgtagGTCATGGTGGTGCTAAGGTAGCAGAGTATGTTAAAGAAAACCTGTTCAACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAGTTGGTCTTTTTGGAGTTTTTGATGgtacggatttctcttaagccagcatgatttagttatataatttgagcgcaactttcatctgtagccagttctttctgatcccatggcctatggtttgtttgtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG