Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttcacaagttcacaatgactaattcagacactttgcaatggctacaactacaatatattgatgctaatatcttcttttgtctccctactttttctttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G052855_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G052855_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g36110.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCATTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttcacaagttcacaatgactaattcagacactttgcaatggctacaactacaatatattgatgctaatatcttcttttgtctccctactttttctttgcag
||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||       |  |||  | ||||  |||||  |  |||  |||| |   |  ||||    |  ||| || | | |||| || | ||   |||  |||||||
GCATGTTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACAGGATGgtatgttt-------tttcaacaattaatctagacatatcacaagagctaaag--attatat-ccaagcctattaacctgttttatccctct---tttgatttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|93283406|gb|EB675670.1|EB675670
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211475525|gb|FL001615.1|FL001615
EST:     TTCTTTGCTTTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|148995087|gb|EE034391.2|EE034391
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211475523|gb|FL001613.1|FL001613
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAACAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|71319563|gb|DR796526.1|DR796526
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|148985826|gb|EE029793.2|EE029793
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211119700|gb|FL001620.1|FL001620
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211119696|gb|FL001616.1|FL001616
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|91049872|gb|EB160290.1|EB160290
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211475522|gb|FL001612.1|FL001612
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211119701|gb|FL001621.1|FL001621
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|101397183|gb|EB820515.1|EB820515
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|78109866|gb|DV528282.1|DV528282
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|89249400|gb|DY621186.1|DY621186
EST:     TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211119698|gb|FL001618.1|FL001618
EST:     TTCTTTGCTTTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
EST: gi|211119699|gb|FL001619.1|FL001619
EST:     TTCTTTGCTTTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATG                         TGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT
genomic: TTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttca ... ttctttgcagTGTAGTTCTTTTGCCAATTGCTGTCACATTCTTCATCACTTGGTGGTTTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATTCTTTGCTGTTCTTCAAAGCTGGGTGTCAAGAAAATTTATGACTGGATGgtatgcttcacaagttcacaatgactaattcagacactttgcaatggctacaactacaatatattgatgctaatatcttcttttgtctccctactttttctttgcag

- - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA