Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgattgtgcagttcagccatcactgcctttatagtgttccttaccttcttattttccctttgatataacaagcctgtgccgacctcagcagcatatgtattttacaaatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044348_T04
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149012865|gb|EE042709.2|EE042709
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211345313|gb|FL467149.1|FL467149
EST:     GCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|71435689|gb|DR816739.1|DR816739
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148948442|gb|EC893960.2|EC893960
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211267468|gb|FK986910.1|FK986910
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|149027788|gb|EE286084.2|EE286084
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148991460|gb|EE032969.2|EE032969
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148948218|gb|EC893734.2|EC893734
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32921110|gb|CF025922.1|CF025922
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|91875915|gb|EB405872.1|EB405872
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|149097124|gb|EE182936.2|EE182936
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|50330013|gb|CO525139.1|CO525139
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|17930295|gb|BM267255.1|BM267255
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32808001|gb|CD960235.1|CD960235
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTCGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA
EST: gi|149001048|gb|EE038297.2|EE038297
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32797849|gb|CD950085.1|CD950085
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA
EST: gi|149100817|gb|EE186911.2|EE186911
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|78088713|gb|DV517106.1|DV517106
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|17930284|gb|BM267244.1|BM267244
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|149110465|gb|EE190430.2|EE190430
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|149067509|gb|EE157716.2|EE157716
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148976595|gb|EE025942.2|EE025942
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32920656|gb|CF025468.1|CF025468
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32921020|gb|CF025832.1|CF025832
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|31360319|gb|CD444676.1|CD444676
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32920553|gb|CF025365.1|CF025365
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32803016|gb|CD955252.1|CD955252
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTG
EST: gi|32920675|gb|CF025487.1|CF025487
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148943973|gb|EC889054.2|EC889054
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|211267467|gb|FK986909.1|FK986909
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|148930101|gb|EC872413.2|EC872413
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|94475590|gb|EB704548.1|EB704548
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGG
EST: gi|32797933|gb|CD950169.1|CD950169
EST:     GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCT                         GTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA
genomic: GTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 129

GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 166

GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 164

GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAA


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 172

GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgat ... aaatatgcagGTCTGAGCTTGGCTCCACTTCTGGTTAACGTAAACCCAAATGTGAATGTGGTATTGACAGCATGCCTTACTGTCTATGTGGGTTGCTACCGATCTGTGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCACTTTGATATTCCAACAAAGGTCACATTGCTAGACTCCCAGATTGGTTCCTAACAATGAGGGCACATGAACGAGCTGCCAGTTTGGCTCTTGCCTgtacgttgattgtgcagttcagccatcactgcctttatagtgttccttaccttcttattttccctttgatataacaagcctgtgccgacctcagcagcatatgtattttacaaatatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC