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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACGTCGTCCTCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcctgcagtttcacccgcattcctatagattgcgttctcgtcctgttgctttggttgtctaatgcctggcctttgtgggggatccccccccccccccccccccctctcctgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038485_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038485_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g05300.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GCACGTCGTCCTCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcctgcagtttcacccgcattcctataga-ttgcgttctcgtcctgttgctttggtt-gtctaatgcctggcctttgtgggggatccccccccccccccccccccctctcctgtgcag
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GCACGTCGTCCTTCCGCCGGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAAGAATCGCCTTCTCTCCGAGgtaac-cttcaagatctccaaatacattcgtgtagaatcgcgttcctg----gttggatcgattcgttgattgtctgat-----tggggaatgggggtttttccgatggggtttatt---tgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211199680|gb|FL296810.1|FL296810
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGNTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTA
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGG-TTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTA
EST: gi|16921247|gb|BM075057.1|BM075057
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACTTCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|60339096|gb|DN206069.1|DN206069
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211024049|gb|FL356230.1|FL356230
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102780|gb|FL296774.1|FL296774
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199677|gb|FL296807.1|FL296807
EST:     CCCCGCCCGAGGTCGCCANGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102793|gb|FL296787.1|FL296787
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105258|gb|FL296791.1|FL296791
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211100315|gb|FL296772.1|FL296772
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105268|gb|FL296801.1|FL296801
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199682|gb|FL296812.1|FL296812
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102786|gb|FL296780.1|FL296780
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102784|gb|FL296778.1|FL296778
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|50323607|gb|CO518733.1|CO518733
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102782|gb|FL296776.1|FL296776
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|18180942|gb|BM382152.1|BM382152
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|50323606|gb|CO518732.1|CO518732
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199678|gb|FL296808.1|FL296808
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105263|gb|FL296796.1|FL296796
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|60400132|gb|DN232939.1|DN232939
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|28909653|gb|CB331035.1|CB331035
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102791|gb|FL296785.1|FL296785
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105262|gb|FL296795.1|FL296795
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105261|gb|FL296794.1|FL296794
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|17929550|gb|BM266510.1|BM266510
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102787|gb|FL296781.1|FL296781
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105260|gb|FL296793.1|FL296793
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AASCAGTGCCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|26558007|gb|CA830242.1|CA830242
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACCAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199679|gb|FL296809.1|FL296809
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|87157388|gb|DY402177.1|DY402177
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|21393806|gb|BQ538236.1|BQ538236
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102781|gb|FL296775.1|FL296775
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199681|gb|FL296811.1|FL296811
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|18179465|gb|BM380675.1|BM380675
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211248057|gb|FL313155.1|FL313155
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105265|gb|FL296798.1|FL296798
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105257|gb|FL296790.1|FL296790
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102788|gb|FL296782.1|FL296782
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|21809492|gb|BQ667810.1|BQ667810
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211100314|gb|FL296771.1|FL296771
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCG-TTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105266|gb|FL296799.1|FL296799
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102790|gb|FL296784.1|FL296784
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105255|gb|FL296788.1|FL296788
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211102792|gb|FL296786.1|FL296786
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
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EST: gi|211102783|gb|FL296777.1|FL296777
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211199674|gb|FL296804.1|FL296804
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|211105256|gb|FL296789.1|FL296789
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCG-TTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
EST: gi|18180156|gb|BM381366.1|BM381366
EST:     TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAG                         AAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC
genomic: TCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcc ... tcctgtgcagAAGCAGTGGCGGTTGGTGGGTGTGCAGCAGAGCCGCGGGTGGGTGCACTAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCACGTCGTCCTCCCGCCCGAGGTCGCCAAGCTCCTCCCCAGGAACATCCTTCTCTCCGAGgtaaaacgcctgcagtttcacccgcattcctatagattgcgttctcgtcctgttgctttggttgtctaatgcctggcctttgtgggggatccccccccccccccccccccctctcctgtgcag

- - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC