Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaacgtttgcgtctctcgctttggcctttcaccatctctgtgtgacatggtctggcatatccaaaaaaattaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035922_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G035922_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g38370.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatg-------tcaacgtttgcgtct--ctcgctttggc-ctttcaccatctctgtgtgacatggtctggcatatccaaaaaaattaag
||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||        | ||   ||    ||  |||| | ||   ||||||     | ||  ||| ||||  || |||||    || | | |||
AGTTTTCGACACCACTCATGAAGACAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGGCAAGGAGCTGTCATTAAAGCATGGGATATAGCTTTAAGAACTATGAAGgtataaaacttctaaattcttattgctagctcgttctgattctttcaaagattttgc-tgatatggagtgacatatt-ggaatattgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18166825|gb|BM336664.1|BM336664
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17929588|gb|BM266548.1|BM266548
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCCAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18163235|gb|BM333074.1|BM333074
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17932547|gb|BM269507.1|BM269507
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167673|gb|BM337513.1|BM337513
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18172971|gb|BM348359.1|BM348359
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18171734|gb|BM341574.1|BM341574
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAGGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167853|gb|BM337693.1|BM337693
EST:     TCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: TCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18166622|gb|BM336461.1|BM336461
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|28985465|gb|CB350653.1|CB350653
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167256|gb|BM337095.1|BM337095
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|31405694|gb|CD484426.1|CD484426
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17930689|gb|BM267649.1|BM267649
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18171573|gb|BM341413.1|BM341413
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18169983|gb|BM339823.1|BM339823
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAACAACTATGAAG                         GTTGGC-ATGGTTGCAAAAATTACAGT-CAAATCAGAATATGCATATGGAG
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGA-GGTTGCAAAAATTACA-TGCAAATCAGAATATGCATATGGAG
EST: gi|17930535|gb|BM267495.1|BM267495
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18162285|gb|BM332124.1|BM332124
EST:     AAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: AAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18172791|gb|BM348179.1|BM348179
EST:     ACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: ACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17931579|gb|BM268539.1|BM268539
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18164877|gb|BM334716.1|BM334716
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17932007|gb|BM268967.1|BM268967
EST:     GCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18170971|gb|BM340811.1|BM340811
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|71309373|gb|DR790976.1|DR790976
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|211411852|gb|FL441860.1|FL441860
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18174284|gb|BM349672.1|BM349672
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18175023|gb|BM350411.1|BM350411
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18164162|gb|BM334001.1|BM334001
EST:     ACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTAT-ATAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGC
genomic: ACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGA-AGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGC
EST: gi|18179153|gb|BM380363.1|BM380363
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|28986608|gb|CB351220.1|CB351220
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18166287|gb|BM336126.1|BM336126
EST:     TAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAANAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: TAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18166847|gb|BM336686.1|BM336686
EST:     AGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATAAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: AGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18170403|gb|BM340243.1|BM340243
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167659|gb|BM337499.1|BM337499
EST:     GCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|27521988|gb|CA989094.1|CA989094
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17929699|gb|BM266665.1|BM266665
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167933|gb|BM337773.1|BM337773
EST:     AGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAGCTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: AGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167782|gb|BM337622.1|BM337622
EST:     GCTGTCATCANAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167366|gb|BM337205.1|BM337205
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18174797|gb|BM350185.1|BM350185
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18167121|gb|BM336960.1|BM336960
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|28985498|gb|CB350669.1|CB350669
EST:     TGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATTAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: TGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18174118|gb|BM349506.1|BM349506
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17932291|gb|BM269251.1|BM269251
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17931043|gb|BM268003.1|BM268003
EST:     CTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGGAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: CTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17931951|gb|BM268911.1|BM268911
EST:     TCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: TCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18171321|gb|BM341161.1|BM341161
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|16922800|gb|BM075792.1|BM075792
EST:     ACAAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: AC-AAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|29947024|gb|CB816443.1|CB816443
EST:     TAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCCAGAATATGCATATGGAGC
genomic: TAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAAT-CAGAATATGCATATGGAGC
EST: gi|18176078|gb|BM351162.1|BM351162
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18172782|gb|BM348170.1|BM348170
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|4775927|gb|AI664930.1|AI664930
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAGTCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|17929924|gb|BM266884.1|BM266884
EST:     AGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: AGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAG-AACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|16922351|gb|BM075537.1|BM075537
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCGAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|211184198|gb|FL244917.1|FL244917
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18175689|gb|BM350910.1|BM350910
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18169174|gb|BM339014.1|BM339014
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|18164591|gb|BM334430.1|BM334430
EST:     GAACTATTAAG                         GTTGGCAAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|12969846|gb|BG266686.1|BG266686
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAGTCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
EST: gi|28986296|gb|CB351065.1|CB351065
EST:     GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAG                         GTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT
genomic: GACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 402

AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCTGCAGGCTCACCACCAGAGATACCTCCTAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCTGCAGGCTCACCACCAGAGATACCTCCTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 278

AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCTGCAGGCTCACCACCAGAGATACCTCCTAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 237

AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaac ... aaaaattaagGTTGGCGAGGTTGCAAAAATTACATGCAAATCAGAATATGCATATGGAGCTGCAGGCTCACCACCAGAGATACCTCCTAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTTTTCGATACCACCCATGAAGATAACTCTATTTTCTCATTTGAAATTGGACAAGGCGCTGTCATCAAAGCATGGGATATAGCCTTAAGAACTATGAAGgtatgtcaacgtttgcgtctctcgctttggcctttcaccatctctgtgtgacatggtctggcatatccaaaaaaattaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC