Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCCCTGGACAATGTGAAAGGCTGCACTGATCAGGTGGAGAATGGAATGAAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtttgctatgctccttcctttctttattataacgtaagtcccacctctccatttatggtataatgtcagtgctgatgcataccagctcaaaga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G031825_T05
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G031825_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g21460.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GATCCCTGGACAATGTGAAAGGCTGCACTGATCAGGTGGAGAATGGAATGAAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtttgc--tatgctccttcctttctttattataacgtaagtcccacctctccatttatggtataatgtcagtgctgatgcataccagctcaaaga--
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |  |||    |    ||  |||||  || | | |||   |   || |    |||| || ||   ||  |||| | ||      | |||    
GATCCCTGGACAATGTGAAAGGATGCACTGATCAGGTGGAGAATGGAACCAAATTGTCCCTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTGCACACACCGTGgtatgctgttttctttataagtcacatttcatttatggtatcatcagtgtgattacttcg---atggaatcatagaagcactgaag-atcaggatttaaacctc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60343728|gb|DN210701.1|DN210701
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|60352510|gb|DN219483.1|DN219483
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|32857618|gb|CD997299.1|CD997299
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACCATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|32930530|gb|CF035342.1|CF035342
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         TCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|71430487|gb|DR811537.1|DR811537
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|60345729|gb|DN212702.1|DN212702
EST:     ATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: ATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|34391313|gb|CF384541.1|CF384541
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
EST: gi|51592666|gb|CV071812.1|CV071812
EST:     AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTG                         CCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA
genomic: AAGTTGTCACTTGGGAAGGACATTGAGATACTATGCCTACACACGCCTTGgtatgctgtt ... ctttcaacagCCACACTAAAGGTCATATCAGCTACTATGTTACTAGTAAGGAGGGTGAAGA