Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgccttacatttactatctgcagttcagtagtgtaatgttgatcatttggtacagattgatgctgattatttactgaaacatctattttatgca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030072_T03
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G030072_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g22430.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgccttacatttactatctgcagttcagtagtgtaatgttgatcat--ttggtacagattgatgc--tgattatttactgaaacatctattttatgca-
|| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||   ||||||   | || ||   ||||||| |  | |  | || ||  ||  ||    ||  |||  | | ||| |     || | |  |||| | |  
GTTGGAATGGAGAGTGAAGGTTTTGCTATCTATGATGCCATGATGCGGATGAAAACTGAGgtgc-atatattacat---caatgtgtccttcagtatttcagttattattattattattattattttgtgcactaactatgttgcagaatacc-gttttctacta

upper sequence: GRMZM2G030072_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0060g02160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTCGGGATGGAGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgccttacatttactatctgcagttcagtagtgtaatgttgatcatttggtacag-attgatgctgattatttactgaaacat-ctattttatgca--
|| ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||   | |||| ||||||   ||    ||   | |   | |||| ||        | || || |  |||| ||   |  ||  |  | | |  ||     ||||   || ||| |  |  
GTTGGGATGGAGACTGAGGGTTTTGCTATCTATGATGCAATGATGCAGTTAAAAAATGAGgta--attttctagtctgat--tttgcaatttgtccaatttatcttaactattttgttgggtgttacttttaagtccttctgataacaggttactttgtaaaac
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32928536|gb|CF033348.1|CF033348
EST:     AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
EST: gi|9794785|gb|BE553093.1|BE553093
EST:     AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
EST: gi|8102628|gb|AW927429.1|AW927429
EST:     TGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: TGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
EST: gi|33103277|gb|CF063237.1|CF063237
EST:     AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
EST: gi|32929221|gb|CF034033.1|CF034033
EST:     AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
EST: gi|50332076|gb|CO527202.1|CO527202
EST:     AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAG                         ATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT
genomic: AGAGCGAAGGTTTTGCAATCTATGATGCAATGATGCGTATGAAAACTGAGgtgctatgcc ... tgccatgcagATCCACACACTTTGTATAGGAGCTGCAGCAGGCCATGCATGTCTTGTGCTT