Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattcatttggacattttttaagaacaaaaacagttgatcatggcatgcaaaagaataacatacgctattgtttttaacatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028369_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g55870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattcatttggacattttttaagaacaaaaacagttgatcatggcatgcaaaagaataacatacgctattgtttttaac-atag-------
||||||||||| ||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || |||  |||||| ||      |||         |||  |  || | | ||| |||| | |||| ||| | |   | | | |  || || |  | ||         
CAATGCTGATATATATGATAAAAATGCTTTCCATGTGGATGGATTTGATGGCTCTTTGGTTGAATTCATGGTTAGAGAAACCGAAAAACTACATCAACAGgtagagcagggttg---------taactagcaatataattgttcattgtatgccaaaaattgcaaaatgttgatggttctggccatcttgtgtag

upper sequence: GRMZM2G028369_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv14s0108g01330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattcatttggacatttt------------ttaagaacaaaaacagttgatcatggcatgcaaaagaataacatacgctattgtttttaacatag-----------------------
|||||| || |||||||||  | |||||||    |||||||| ||    ||||||||||||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||    | |||||  ||   |             || | |  ||| |  |  ||| |  |      || | |  |   | | | || ||  |    |                         
CAATGCCGAGACATATGATCCCGATGCTTTGTCAATGGATGGGTTCCATGGCTCTTTGGTTGAATTCATGGTCAGGGAAACCGAAAAGCTTCATGCTCAGgtatgttacatttaaacccatcaaagaagaatgattgaaagaaaagaaggaagatgagagggaaagaagggaagaggaatgatgttattgctggttttctgatccacttttaattaacatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211092233|gb|FL378442.1|FL378442
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211490416|gb|FL381909.1|FL381909
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTYGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGA
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGA
EST: gi|211029808|gb|FL058986.1|FL058986
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAG
EST: gi|9824918|gb|BE575015.1|BE575015
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211027370|gb|FL058979.1|FL058979
EST:     CTCTTTGGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATA
genomic: CTCTTTGG-TTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATA
EST: gi|149067525|gb|EE157731.2|EE157731
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211024914|gb|FL058965.1|FL058965
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|71449541|gb|DR830591.1|DR830591
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|148987695|gb|EE031582.2|EE031582
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211027360|gb|FL058969.1|FL058969
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCAC
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCAC
EST: gi|91872761|gb|EB402718.1|EB402718
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211148548|gb|FL374616.1|FL374616
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211387290|gb|FL388817.1|FL388817
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211063320|gb|FL403461.1|FL403461
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|78104614|gb|DV523032.1|DV523032
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|71447644|gb|DR828694.1|DR828694
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211029806|gb|FL058984.1|FL058984
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGA
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGA
EST: gi|211027363|gb|FL058972.1|FL058972
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTYGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCAC
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCAC
EST: gi|32926797|gb|CF031609.1|CF031609
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211442013|gb|FL419339.1|FL419339
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211027357|gb|FL058966.1|FL058966
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCC
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCC
EST: gi|211029812|gb|FL058990.1|FL058990
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAA-CTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATAC
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATAC
EST: gi|32849098|gb|CD988779.1|CD988779
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211027359|gb|FL058968.1|FL058968
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGC
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGC
EST: gi|89764470|gb|DY691264.1|DY691264
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTG
EST: gi|211027367|gb|FL058976.1|FL058976
EST:     GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGATACAA
genomic: GCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 154

CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTGCCTGAGCCCCGGTTGCCACCTATGCAGTACCCAAGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 318

CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTGCCTGAGCCCCGGTTGCCACCTATGCAGTACCCAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 376

CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTGCCTGAGCCCCGGTTGCCACCTATGCAGTACCCAAGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 837

CAATGCTGATACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGCGGCTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtggaattca ... tttaacatagGTTGGGAGATACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTCCTGAGGATCTGCCTGAGCCCCGGTTGCCACCTATGCAGTACCCAAGG