Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaataaatcattcttttaaaaaaacacttacctgcttgttttaccatttctgacttggagccaagtgatctaataacctatacctctatatgatcatgtaatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G027995_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G027995_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata----aatcattcttttaaaaaaacacttacctgcttgttttaccatttctgacttggagccaagtgatctaataacctatacctctatatgatcatgtaatgcag
||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||     | | || | ||| |    |  | |   ||  |     |   | | |   ||      |   ||||||    | ||     ||   |  || | ||||||||
TCATGGCGGGAATGGCACCAGAGGGATCCCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTTCTgtaaggaatcttatactgatacgttttatctcagccatcattgtgtacggcaatgtctgtctatttcctgtacaggatctaccg-ctta-----ctgggtagtcttttaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211082279|gb|FL286148.1|FL286148
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|211079538|gb|FL286131.1|FL286131
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|8368624|gb|BE051569.1|BE051569
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31354357|gb|CD438714.1|CD438714
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|32851137|gb|CD990818.1|CD990818
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|67041361|gb|CO467616.1|CO467616
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTTTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|211288318|gb|FL286178.1|FL286178
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|211294754|gb|FL286234.1|FL286234
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|67031983|gb|CO460732.1|CO460732
EST:     AAAATGCAGGTTCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTTTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: AAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|28931273|gb|CB334634.1|CB334634
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31354677|gb|CD439034.1|CD439034
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|32933416|gb|CF038228.1|CF038228
EST:     GGTTCTCAGTTTAATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31351797|gb|CD436154.1|CD436154
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31359138|gb|CD443495.1|CD443495
EST:     GTTCTCAGTTTGATGCTAAGCGACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GTTCTCAGTTTGATGCTAAGC-ACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|14529473|gb|BI096606.1|BI096606
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|22715433|gb|BU197760.1|BU197760
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|211290464|gb|FL286197.1|FL286197
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|211082280|gb|FL286149.1|FL286149
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|14646056|gb|BI180245.1|BI180245
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|20811047|gb|BQ295525.1|BQ295525
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31356525|gb|CD440882.1|CD440882
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31349540|gb|CD433897.1|CD433897
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|8368623|gb|BE051568.1|BE051568
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGGTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|32933398|gb|CF038210.1|CF038210
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|30306982|gb|CD001655.1|CD001655
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|31353577|gb|CD437934.1|CD437934
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|32851113|gb|CD990794.1|CD990794
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
EST: gi|67017759|gb|CO446508.1|CO446508
EST:     GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCT                         GAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA
genomic: GGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2309

TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAAAGTTTTGATGACATGGGCCTTCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2061

TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAAAGTTTTGATGACATGGGCCTTCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1316

TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAAAGTTTTGATGACATGGGCCTTCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTAT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1095

TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaata ... tgtaatgcagGAGCACTGGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAAAGTTTTGATGACATGGGCCTTCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTAT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATGGCAGGAATGGCACCCGAGGGTTCTCAGTTTGATGCTAAGCACTATGATTCTAAAATGCAGGAGCTGCTgtaagtaataaatcattcttttaaaaaaacacttacctgcttgttttaccatttctgacttggagccaagtgatctaataacctatacctctatatgatcatgtaatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT