Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagttgttcttttgatttggtttacagtttatttcagagtgatgtgaatagtattgattggttttgtaaacgcaaatttgattgctccggtgtgc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G027627_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G027627_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g13720.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagttgttcttttgatttggtttacagtttatttcagagtgatgtgaatagtattgattggttttgtaaacgcaaatttgattgctccggtgtgc--
|||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||| ||  |  |  |  | | |  ||||       ||    | |   ||    | |||| |  |  | | | |     |||||  ||  |  |  ||    
ATGGGATGGGGACGGCGGAATGGAGGGCATCGAAAAGCCCCGCATACTACAAACGCGGCGACTATGTGCCAGGATTGAAGgtaactaaatacttctccg-tctcatttaagcgcagttgtgaattttcgtacccaatatttaacgtctgttttatt-tgaattttttttatgagtagtagtt

upper sequence: GRMZM2G027627_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagttgttcttttgatttggtttacagtttatttcagagtgatgtgaatagtattgattggttttgtaaacgcaaatttgattgctccg-gtgtgc-----
||||||||||||| || |||||||| ||  ||||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |      |||   |   ||||||| |   ||   ||    || |||       | || || |||    | ||||    |   | ||    |  |||       
ATGGGATGGGGACTGCGGAGTGGAGAGCTGCCAAGAGTCCTGCTTATTATAAGCGTGGGGATTACGTGCCTGGCTTGAAGgtga------gtttagtgtgtttggttaatgattcgatttgttgtaatggtttatctgttaatcggtggatttaacgtgtttcgtagtggggtgcatgtttttaat

upper sequence: GRMZM2G027627_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0026g00990.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaata-gttgttcttttgatttggtttacagtttatttcagagtgatgtgaatagtattgattggttttgtaaacgcaaatttgattgctccggt-gtgc
|||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |    | ||    || ||  | ||  ||| |       |  ||||   || | ||   | |  ||| |  ||     |   |||  |   ||  || 
ATGGGATGGGTACGGCTGAGTGGAGAGCAGCCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGCGGGGACTATGTTCCTGGTTTGAAGgtgattttaatttttacatgcttctgattggagtctcgggattatggatggccatgg-atacttggacttttttgacttttgtcgtattttttaagttatg-

upper sequence: GRMZM2G027627_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv09s0018g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagt-tgttcttttgatttggtttacagtttatttcagagtgatgtgaa-tagtattgattggttttgtaaacgcaaatttgattgctccggtgtgc
|||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |  |   | | | | ||| |  |  |||   |||   || ||   |  | |  ||   ||  | ||  |  |   |  |    |  || ||   || 
ATGGAATGGGTACGGCAGAGTGGAGAGCAGCCAAGAGTCCAGCATATTACAAGCGTGGGGACTATGTGCCTGGGTTGAAGgtaatttttacatgcctctaattggactctcag--gattatggattgccatagacttttaactatgtgattgctggagttacttgaactctcttcgagttgt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22490319|gb|BU050242.1|BU050242
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|101391487|gb|EB817679.1|EB817679
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|19057764|gb|BM736431.1|BM736431
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGC
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGC
EST: gi|76019405|gb|DT946575.1|DT946575
EST:     AAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: AAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|91876001|gb|EB405958.1|EB405958
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|211508254|gb|FL470985.1|FL470985
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|74232882|gb|DT640796.1|DT640796
EST:     -AAGAGCCCGGCTTACTANCA-GCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGC
genomic: CAAGAGCCCGGCTTACTA-CAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGC
EST: gi|31349079|gb|CD433436.1|CD433436
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTAAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|87152016|gb|DY396805.1|DY396805
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|19058234|gb|BM736901.1|BM736901
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
EST: gi|211508252|gb|FL470983.1|FL470983
EST:     CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAG                         GTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA
genomic: CCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 38 (upstream exon), 39 (downstream exon)
Score: 8

ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAAGAACATGCCCTTGAAAATGGGCCAATT


Block sizes: 12 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 2

ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAAGAACATGCCCTTGAAAATGGGCCAATT


Block sizes: 43 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 10

ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAAGAACATGCCCTTGAAAATGGGCCAATT


Block sizes: 35 (upstream exon), 39 (downstream exon)
Score: 3

ATGGGATGGGGACGGCAGAGTGGAGGGCCTCCAAGAGCCCGGCTTACTACAAGCGCGGGGACTATGTGCCTGGCTTAAAGgtaaatagtt ... ttttgtgtagGTCGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCTTGCAAATTTGCCAAAGAACATGCCCTTGAAAATGGGCCAATT