1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ACTATACGCTATCTCTTCCTTCGTGGGTCTTCTTGATATCCAGGGTAGCAAGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G025242_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTGCAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|32863425|gb|CF003107.1|CF003107
genomic: ATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211387059|gb|FL031628.1|FL031628
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|32855966|gb|CD995647.1|CD995647
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211387062|gb|FL031631.1|FL031631
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211387060|gb|FL031629.1|FL031629
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|18648719|gb|BM497538.1|BM497538
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211479367|gb|FL401490.1|FL401490
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|29945106|gb|CB815472.1|CB815472
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: ATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|91875864|gb|EB405821.1|EB405821
genomic: ATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211387063|gb|FL031632.1|FL031632
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTYACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|71770673|gb|DR968610.1|DR968610
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|211387065|gb|FL031634.1|FL031634
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|116821502|gb|EC864822.1|EC864822
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|18450759|gb|BM429037.1|BM429037
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATCEST: gi|18648718|gb|BM497537.1|BM497537
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
EST: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTG GTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
genomic: AGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttc ... aattatgcagGTGATTGCTAAGTTTATGGCATTGATGTACAGCTACTTGAATATATCTATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTATACGCTATCTCTTCCTTCGTGGGTCTTCTTGATATCCAGGGTAGCAAGACATTTTTCACATTCTTAGATGCTGTTAAAGAATGCTATGAGGCACTGgtgagtcttctttgggtcaaccatattcttataggcctaaatgaagcttgctatttcactaacacttgtattttcctttcaattatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA