Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAGCTGGGGCTTCGCCGAGGTGCCACAGATAATGACAAATTACAGACAGAAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtttcagatgtcttatgctccttggaactggatgcgattatattatttcacatgtcttgggctccttgcatgtgatttatatcatgtctcgataattgtacttatacctcgatgttaagcgtggatccctatataattccatcttatgcttctatgattgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024733_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G024733_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g16170.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TAAGCTGGGGCTTCGCCGAGGTGCCACAGATAATGACAAATTACAGACAGAAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtttcag---atgtcttatgctccttggaactggatgcgattatattatttcacatgtcttgggctccttgcatgtgatttatatcatgtctcgataattgtacttatacctcgatgttaa-gcgtggatccctatataattccatcttatgcttctatgattgtgcag
| ||||||||  | || |||||||||||||| || || |||||||  || |||||||||||||| || ||  | |||||||| ||||| |||||||||||||  ||  |||||     |  || ||| | || |||     || | | ||   |||   |  |||  | | |   ||  |||||    ||    || || |||  |    ||| |||    |||  |   ||  |                                         
TCAGCTGGGGAGTTGCTGAGGTGCCACAGATCATAACTAATTACAAGCATAAGTCAACAGAAGGCCTTTCCCTTGCTTTTCTAATGACATGGATTGTTGGgtgagccatttcatcacgttcctgatgtttctaggagacttatactactaatatataatatttgtagttgacagttt-tatgtg--caatgcagtg-cttgatgttct--cttgtactcttatgccattacgcag-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71426414|gb|DR807464.1|DR807464
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
EST: gi|71432685|gb|DR813735.1|DR813735
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
EST: gi|88752265|gb|DY536406.1|DY536406
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCT
EST: gi|71770193|gb|DR968130.1|DR968130
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
EST: gi|94472307|gb|EB701265.1|EB701265
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
EST: gi|76288325|gb|DV027893.1|DV027893
EST:     AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGG                         GGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT
genomic: AAGTCAACAGAAGGACTCTCTGTCGCTTTTCTTATGACCTGGATTGTTGGgtatgctgtt ... gattgtgcagGGATTTGTTTAACCTTGTTGGCTGCTTCCTCGAACCTGCTACT