Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGGAACCACAGATCAGGTTGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaaccaaaatttacataatatgttttaggactgaccttgaacattgcatacatttgtgtagtcctgagaaatttaccaattgtatgatgtgcttaatgagttgtaactgtttgcattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G018177_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13382324|gb|BG458999.1|BG458999
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|32908102|gb|CF012915.1|CF012915
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTCGTTG                         AGGTTGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211519675|gb|FL104729.1|FL104729
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211522699|gb|FL104754.1|FL104754
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|84908490|gb|DW404368.1|DW404368
EST:     GATTTTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGT-GTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|24765545|gb|CA400704.1|CA400704
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|22819873|gb|BU499963.1|BU499963
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCTCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|211534317|gb|FL091476.1|FL091476
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTTGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|9733498|gb|BE512130.1|BE512130
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         TGTTTTTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCTCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
EST: gi|91056160|gb|EB166578.1|EB166578
EST:     GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTG                         AGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC
genomic: GATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaa ... tgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATGGAACCACAGATCAGGTTGAGAAGATTGTCAAAACCCTGAATGAAGGAAATGTTCCCTCTTCAGATGTTGTTGgtatggacaaccaaaatttacataatatgttttaggactgaccttgaacattgcatacatttgtgtagtcctgagaaatttaccaattgtatgatgtgcttaatgagttgtaactgtttgcattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG