Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATCCATTAAATGTATGCGGCATGCAAAGCGGACTGTTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacctttctatgctatttttttggatacttgcaacatatgtttgtaggtctactatgcacttgtgaattgttagctaataaatttaagatcctt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013908_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G013908_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g32750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GAATCCATTAAATGTATGCGGCATGCAAAGCGGACTGTTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacctttc---tatgctatttttttggatacttgcaacatatgtttgtaggtctactatgcacttgtgaattgttagctaataaatttaagatcctt
||  |||| || |||||||||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||   ||   ||||    |   |||||||| |||    |  |  |    ||||||| |||| ||  |  ||||    |   |   |  ||| ||  ||     
GAGGCCATCAAGTGTATGCGGCATGCAAAGAGGACAGTCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttctatttcgttgacaatattttttaggactactaaataaaggttttgtagatctagta-actgttgtatgcttgaatgcatcaaacttctgagtt--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211477176|gb|FL315669.1|FL315669
EST:     TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGTCTCAGGAATGTTGAG                         CCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATT
genomic: TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacc ... tctcaatcagCCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATT
EST: gi|76925484|gb|DV170465.1|DV170465
EST:     TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAG                         CCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTACGTTTTAAGAGAGCTGTT
genomic: TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacc ... tctcaatcagCCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTACGTTTTAAGAGAGCTGTT
EST: gi|211149894|gb|FL367822.1|FL367822
EST:     TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGTCTCAGGAATGTTGAG                         CCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTGCGTTTTAAGAGAGCTGTT
genomic: TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacc ... tctcaatcagCCCGTATATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTACGTTTTAAGAGAGCTGTT
EST: gi|74244039|gb|DT651953.1|DT651953
EST:     TTCTGACGGAGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCCCAGGAATGTTGAG                         CCCGAATTATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTACGTTTTAAGAAAGCTGT
genomic: TTCTGACGGCGGATGATGTTGACAGTGCCCTGGGCCTCAGGAATGTTGAGgtgaattacc ... tctcaatcagCCCGTAT-ATGGATTTGCCTCTGGTGATCCATTACGTTTTAAGAGAGCTGT