1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TTCGGTTTAGCAAAAGCTGGTCCTCAGGGTGATAAAACTCATGTATCTACTCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcagggataaacttttgacttcagtagctacctgtagcagaaattctgtagcttgcttatctgttgcatgttggttctttacactgtttttctgagc...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G007801_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|71443463|gb|DR824513.1|DR824513
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|149003453|gb|EE038922.2|EE038922
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|149044937|gb|EE047739.2|EE047739
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: CTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|74236710|gb|DT644624.1|DT644624
genomic: CTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|149088851|gb|EE177982.2|EE177982
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|71297800|gb|DR784854.1|DR784854
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|71442165|gb|DR823215.1|DR823215
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|22473184|gb|BU037664.1|BU037664
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTTGTTGGCCCCTATGGTTATGCTGCGCCAGAGTATGTAATGACAG GGCCCTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCGEST: gi|71326007|gb|DR799686.1|DR799686
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
EST: TCGGGTGGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAG GGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
genomic: TCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcaggga ... tattgttcagGGCACTTGACATCTAAGAGTGATGTTTATAGCTTCGGAGTTGTGCTACTCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCGGTTTAGCAAAAGCTGGTCCTCAGGGTGATAAAACTCATGTATCTACTCGGGTTGTTGGCACCTATGGTTATGCTGCACCAGAGTATGTAATGACAGgtatcagggataaacttttgacttcagtagctacctgtagcagaaattctgtagcttgcttatctgttgcatgttggttctttacactgtttttctgagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC