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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgctgcagccttatttttttatttactctctgatccgataatcgcagtgattgggttcagtgacgttgtgtttctgatcctggttcgaccgctccatgccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005493_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211458130|gb|FL012366.1|FL012366
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458127|gb|FL012363.1|FL012363
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|149080694|gb|EE169755.2|EE169755
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211023369|gb|FK982681.1|FK982681
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302405|gb|FL012357.1|FL012357
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302401|gb|FL012353.1|FL012353
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458128|gb|FL012364.1|FL012364
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCA-CGAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGG
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGC-AGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGG
EST: gi|211458140|gb|FL012376.1|FL012376
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCWGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302399|gb|FL012351.1|FL012351
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458138|gb|FL012374.1|FL012374
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302400|gb|FL012352.1|FL012352
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211020950|gb|FK982676.1|FK982676
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458126|gb|FL012362.1|FL012362
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211020949|gb|FK982675.1|FK982675
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGYG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|148979224|gb|EE026582.2|EE026582
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458134|gb|FL012370.1|FL012370
EST:     GTTTKCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAS-AGTACTTGYCCTGCCGACCTCGACAGCAAATKCGACGG
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAG-ACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGG
EST: gi|211302409|gb|FL012361.1|FL012361
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTC-CCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211460651|gb|FL012377.1|FL012377
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458129|gb|FL012365.1|FL012365
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCNAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302404|gb|FL012356.1|FL012356
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458132|gb|FL012368.1|FL012368
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAS-AGAACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGG
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGA-CTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGG
EST: gi|211302403|gb|FL012355.1|FL012355
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCASSAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|32913601|gb|CF018413.1|CF018413
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458133|gb|FL012369.1|FL012369
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302408|gb|FL012360.1|FL012360
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCA-SAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458135|gb|FL012371.1|FL012371
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|148950087|gb|EC895623.2|EC895623
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|32910736|gb|CF015548.1|CF015548
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211023371|gb|FK982683.1|FK982683
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCASSAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458139|gb|FL012375.1|FL012375
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|76286923|gb|DV026491.1|DV026491
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211460652|gb|FL012378.1|FL012378
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCTCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|21389921|gb|BQ527970.1|BQ527970
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211020954|gb|FK982680.1|FK982680
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458131|gb|FL012367.1|FL012367
EST:     GTTTGCT-CTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211458137|gb|FL012373.1|FL012373
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
EST: gi|211302406|gb|FL012358.1|FL012358
EST:     GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTG                         GTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT
genomic: GTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 679

GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGTGGCGCGCCTGATGACTGGGAGGGGGAATTCTTCCCCGGCGTCCCGAAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 648

GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGTGGCGCGCCTGATGACTGGGAGGGGGAATTCTTCCCCGGCGTCCCGAAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 658

GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGTGGCGCGCCTGATGACTGGGAGGGGGAATTCTTCCCCGGCGTCCCGAAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1001

GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgct ... tccatgccagGTTGCCGCGCAGCAGACTTGCCCTGCCGACCTCGACAGCAAATGCGACGGTGGCGCGCCTGATGACTGGGAGGGGGAATTCTTCCCCGGCGTCCCGAAAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGATTGCGTTCCTGATCTAAGCCCGGCATGAAGGGCTGCTCAGAGCGTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTGGCATCGTCGTTGTTACTGTCCGTCGTGgtaagtcgctgcagccttatttttttatttactctctgatccgataatcgcagtgattgggttcagtgacgttgtgtttctgatcctggttcgaccgctccatgccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT