Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctgtatcttctcaggcatcaatgattgagcgcttcgtgtttgcaggatgcgtactcctgtcatgcgttttgctcgtgcaatttttacaatgcagtagcatttgatggttgtgtctggctctgattgattctaactgatgagcctgcattctgaaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G004352_T02
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G004352_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g54640.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctgtatcttctcaggcatcaatgattgagcgcttcgtgtttgcaggatgcgtactcctgt-catgcgttttgctcgt-----gcaattttta--caatgcagtagcatttgatggttgtgtctggctctgattgattctaactgatgagcctgcattctgaaacag
||   |||||| || || | ||||||| ||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |  ||| |||    |  |   || |   ||||||   || | || |  | | |  ||| |   |||       | ||||    |||||| || ||||  ||  | |    |||  |    ||  || |   |  | |   || ||| ||| |   
AAGGACAGCGAGGAAGTGAAGCAGGCGATGGACCAGCTGAAGGAGCTCGGGTGGGCCAAGCGGTGGAGCTCGCAGCCGTACGTGTCGCGCCGCACGgtcagtgcgatatcttcccgagcaccaagcgcttcgaattt-gcagttgcagagagcattcttccctacttctgttgtcagcgtcaggtagagttttgggtcaatgcggttgcatggga--gcttgaactgattggtgttcttttttttttttta---tgaattgtgacag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211057845|gb|FL422564.1|FL422564
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGARCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|50329898|gb|CO525024.1|CO525024
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211212631|gb|FL412327.1|FL412327
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|148930743|gb|EC873038.2|EC873038
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|148954649|gb|EC900096.2|EC900096
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|149084909|gb|EE174419.2|EE174419
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211463633|gb|FL380567.1|FL380567
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211057978|gb|FL426568.1|FL426568
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACTGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|76010526|gb|DT937696.1|DT937696
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211087785|gb|FL400777.1|FL400777
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|71313543|gb|DR793346.1|DR793346
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211403691|gb|FL424169.1|FL424169
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211110152|gb|FL388603.1|FL388603
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|71317339|gb|DR795363.1|DR795363
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211493014|gb|FL369799.1|FL369799
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|37417290|gb|CF646298.1|CF646298
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211472091|gb|FL427745.1|FL427745
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|149100298|gb|EE186363.2|EE186363
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|91872113|gb|EB402070.1|EB402070
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGAGCCGGACG                         ACATATCTACGGGAGCTCAATACCCTTGGAATCAAGAATG
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 42 (upstream exon), 36 (downstream exon)
Score: 11

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTAGCAATTCCAAGTGTTAGAAATGAT


Block sizes: 47 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 50

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTAGCAATTCCAAGTGTTAGAAATGAT


Block sizes: 42 (upstream exon), 36 (downstream exon)
Score: 3

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTAGCAATTCCAAGTGTTAGAAATGAT


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 48

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTAGCAATTCCAAGTGTTAGAAATGAT