Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctgtatcttctcaggcatcaatgattgagcgcttcgtgtttgcaggatgcgtactcctgtcatgcgttttgctcgtgcaatttttacaatgcagtagcatttgatggttgtgtctggctctgattgattctaactgatgagcctgcattctgaaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G004352_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G004352_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os04g54640.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AAAAGCAGCGATGATGTTAGGCAGGCGCTGGACCAGCTGAGAGAGAGCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctgtatcttctcaggcatcaatgattgagcgcttcgtgtttgcaggatgcgtactcctgt-catgcgttttgctcgt-----gcaattttta--caatgcagtagcatttgatggttgtgtctggctctgattgattctaactgatgagcctgcattctgaaacag
||   |||||| || || | ||||||| ||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||  ||||||| |  ||| |||    |  |   || |   ||||||   || | || |  | | |  ||| |   |||       | ||||    |||||| || ||||  ||  | |    |||  |    ||  || |   |  | |   || ||| ||| |   
AAGGACAGCGAGGAAGTGAAGCAGGCGATGGACCAGCTGAAGGAGCTCGGGTGGGCCAAGCGGTGGAGCTCGCAGCCGTACGTGTCGCGCCGCACGgtcagtgcgatatcttcccgagcaccaagcgcttcgaattt-gcagttgcagagagcattcttccctacttctgttgtcagcgtcaggtagagttttgggtcaatgcggttgcatggga--gcttgaactgattggtgttcttttttttttttta---tgaattgtgacag--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211057845|gb|FL422564.1|FL422564
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGARCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|50329898|gb|CO525024.1|CO525024
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211212631|gb|FL412327.1|FL412327
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|148954649|gb|EC900096.2|EC900096
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|149084909|gb|EE174419.2|EE174419
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211463633|gb|FL380567.1|FL380567
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211057978|gb|FL426568.1|FL426568
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACTGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211087785|gb|FL400777.1|FL400777
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|76010526|gb|DT937696.1|DT937696
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|71313543|gb|DR793346.1|DR793346
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211403691|gb|FL424169.1|FL424169
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211110152|gb|FL388603.1|FL388603
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211493014|gb|FL369799.1|FL369799
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|37417290|gb|CF646298.1|CF646298
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|149100298|gb|EE186363.2|EE186363
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|211472091|gb|FL427745.1|FL427745
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|148930743|gb|EC873038.2|EC873038
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|71317339|gb|DR795363.1|DR795363
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACG                         ACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATGCTGAGAATTTA
EST: gi|91872113|gb|EB402070.1|EB402070
EST:     GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGAGCCGGACG                         ACATATCTACGGGAGCTCAATACCCTTGGAATCAAGAATG
genomic: GCGGATGGGCCAAGCGGTGGGGCTCGCAGCCCTATGTGTCGCGCCGGACGgtcagtgctg ... tctgaaacagACATCTCTACGGGAGCTCACTACCCTTGGAATCAAGAATG