ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CAAGATCGAGCCAAAATGGGAAGACCCTATTTGTGCGAATGGTGGTAAATGGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaattctattttatcagaaagataactttgttttgcacatctctccttaacacgtcctccaccttatattctttcaactgtcctttgtttag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G002616_T01
intron #	2
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G002616_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g73880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2

CAAGATCGAGCCAAAATGGGAAGACCCTATTTGTGCGAATGGTGGTAAATGGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaattctattttatcagaaagataactttgttttgcacatctctccttaacacgtcctccaccttatattctttcaactgtcctttgtttag
 || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| || || ||| | ||| |||| ||||||||||    ||||| |        || ||||   ||||||||  | ||||| | ||      | || || |||||||    | |||| || ||||
TAAAATCGAGCCAAAATGGGAAGATCCTATCTGTGCTAATGGAGGTAAATGGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagca---ttatttga--------atcactta--tttgcacagttatcctttatacaaatatctcccta-attctttaccttatcctgtgcttag

upper sequence: GRMZM2G002616_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT1G29590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

CAAGATCGAGCCAAAATGGGAAGACCCTATTTGTGCGAATGGTGGTAAATGGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaattctattttatcagaaagataactttgttttgcacatctctcct-taacacgtcc--tccaccttatattctttcaactgtcctttgtttag
 ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||    |     ||||  | |   ||  |   ||||||  |||| |||     || ||  || |||| | | ||| | |  || ||    |  | ||    |  ||    | |||||| |  | |||    |||| ||  |||||
TAAGATTGAACCAAAATGGGAAGATCCTATCTGTGCCAATGGAGGAAAATGGACTATGTTTTTCCCTAGAGCTACACTAGAATCTAATTGGCTTAACACGgta-----ttgtaacttttcagga-gttaattgtagttcgcttggccatgctgctgcttgttggatgcaccttgtgatgtttttg-tgtcattgttttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|60356415|gb|DN223388.1|DN223388

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60349185|gb|DN216158.1|DN216158

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|30306554|gb|CD001227.1|CD001227

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|7145252|gb|AW506733.1|AW506733

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211425449|gb|FL011474.1|FL011474

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAAACAATTCGACTATGGTGAT
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAA-CAATTCGACTATGGTGAT

EST: gi|60339268|gb|DN206241.1|DN206241

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|5069883|gb|AI737848.1|AI737848

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTAT
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTAT

EST: gi|148968176|gb|EE019466.2|EE019466

EST:     TCAGCTGGGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: TCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|110195701|gb|EC877598.1|EC877598

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|42492011|gb|CK701057.1|CK701057

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|29947472|gb|CB816674.1|CB816674

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60359494|gb|DN226467.1|DN226467

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211307241|gb|FL056015.1|FL056015

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|4647639|gb|AI622714.1|AI622714

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|16377497|gb|BI991969.1|BI991969

EST:     CATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCCCACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGACCAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: CATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|88852805|gb|DY543029.1|DY543029

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|9732665|gb|BE511417.1|BE511417

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|78544202|gb|DV621700.1|DV621700

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATTTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|116818839|gb|EC861887.1|EC861887

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211428038|gb|FL011482.1|FL011482

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTNGCTGCACACT                         CTGCTGGCTAT
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTAT

EST: gi|32828562|gb|CD968240.1|CD968240

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|88852761|gb|DY542985.1|DY542985

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTAGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|88852720|gb|DY542944.1|DY542944

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACC                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211221053|gb|FL468691.1|FL468691

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|20336959|gb|BQ172589.1|BQ172589

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|32829653|gb|CD969331.1|CD969331

EST:     AGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: AGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|166570320|gb|EG158267.1|EG158267

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTG
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTG

EST: gi|88852748|gb|DY542972.1|DY542972

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTAGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|91053164|gb|EB163582.1|EB163582

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATTTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60346333|gb|DN213306.1|DN213306

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60347390|gb|DN214363.1|DN214363

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|88852738|gb|DY542962.1|DY542962

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGTAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|44900742|gb|CK827287.1|CK827287

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|29577092|gb|CB617204.1|CB617204

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60357390|gb|DN224363.1|DN224363

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|71447985|gb|DR829035.1|DR829035

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACACTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60398596|gb|DN231412.1|DN231412

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211235178|gb|FL451436.1|FL451436

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|50334083|gb|CO529209.1|CO529209

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCGCACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211425440|gb|FL011465.1|FL011465

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211425442|gb|FL011467.1|FL011467

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|37379766|gb|CF626640.1|CF626640

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTTAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|12968083|gb|BG265030.1|BG265030

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|148968177|gb|EE019467.2|EE019467

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60353078|gb|DN220051.1|DN220051

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|30088194|gb|CB886399.1|CB886399

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|60355408|gb|DN222381.1|DN222381

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|213175369|gb|FM190157.1|FM190157

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|6469002|gb|AW191778.1|AW191778

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211235179|gb|FL451437.1|FL451437

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|213178516|gb|FM182938.1|FM182938

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|32858290|gb|CD997971.1|CD997971

EST:     CCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAANNNTCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: CCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAA---TCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|85152888|gb|DW587890.1|DW587890

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|88852740|gb|DY542964.1|DY542964

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|50334082|gb|CO529208.1|CO529208

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|37394065|gb|CF634302.1|CF634302

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|149089128|gb|EE178311.2|EE178311

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|149078569|gb|EE167354.2|EE167354

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|211425446|gb|FL011471.1|FL011471

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACGTTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|148928878|gb|EC873836.2|EC873836

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATTTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|12968082|gb|BG265029.1|BG265029

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACCATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|91053165|gb|EB163583.1|EB163583

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|213171363|gb|FM192078.1|FM192078

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

EST: gi|148933696|gb|EC877599.2|EC877599

EST:     GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACT                         CTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC
genomic: GGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 490

CAAGATCGAGCCAAAATGGGAAGACCCTATTTGTGCGAATGGTGGTAAATGGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaatt ... ctttgtttagCTGCTGGCTATGATTGGTGAACAATTCGACTATGGTGATGAAATTTGTGGCGCAGTTGTCAGTGTGCGTGGGAAGCAGGAAAGAATTGCTATTTGGACAA

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 230

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 270

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 161

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGATCGAGCCAAAATGGGAAGACCCTATTTGTGCGAATGGTGGTAAATGGACCATCAGCTGTGGAAGAGGAAAATCTGATACATTTTGGCTGCACACTgtaagcaattctattttatcagaaagataactttgttttgcacatctctccttaacacgtcctccaccttatattctttcaactgtcctttgtttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA