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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGTGGCAGGACGCGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatctcctctcccctcctcactccccctactcgcatttttaattcttctcttgattcggcctgacgctggcacctggttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000393_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g07905.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TTTGTGGCAGGACGCGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatctcctctcccctcctcactccccctactcgcatttttaattcttctcttgattcggcctgacgctggcacctgg-ttgcag
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GCTGTGGCAGGACGCGCAGACGCGGATGATCCTGTCTGGTCTCCTCGAGAAGAGCTCCGGCAATgtgcggatctctccccctctccacccacttctcgttttttttttccgcttgatttgtcagttcgtgtgatggtatcgcctaaattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148982630|gb|EE028428.2|EE028428
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|78093005|gb|DV521379.1|DV521379
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|6626361|gb|AW257893.1|AW257893
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211109595|gb|FL330293.1|FL330293
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|149106895|gb|EE188795.2|EE188795
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|76920610|gb|DV168260.1|DV168260
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|31359008|gb|CD443365.1|CD443365
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211264751|gb|FL317287.1|FL317287
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EST: gi|211262310|gb|FL317272.1|FL317272
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAG-TGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|78022345|gb|DV490732.1|DV490732
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|31357853|gb|CD442210.1|CD442210
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EST: gi|211070150|gb|FL344929.1|FL344929
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EST: gi|149096405|gb|EE182139.2|EE182139
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EST: gi|22819731|gb|BU499821.1|BU499821
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EST: gi|211035632|gb|FL325397.1|FL325397
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EST: gi|211309691|gb|FL309467.1|FL309467
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211208342|gb|FL339681.1|FL339681
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAG-TGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211177142|gb|FL336670.1|FL336670
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAG-TGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211537774|gb|FL336420.1|FL336420
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211507519|gb|FL321825.1|FL321825
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211335749|gb|FL352451.1|FL352451
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211130919|gb|FL136657.1|FL136657
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAG-TGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211061191|gb|FL322363.1|FL322363
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211312454|gb|FL348222.1|FL348222
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|21843330|gb|BQ703911.1|BQ703911
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGTTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|149005474|gb|EE040029.2|EE040029
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211365022|gb|FL342943.1|FL342943
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|50323553|gb|CO518679.1|CO518679
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|89250822|gb|DY622608.1|DY622608
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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EST: gi|211257460|gb|FL317713.1|FL317713
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211378656|gb|FL357034.1|FL357034
EST:     CGCAGWCCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGAC
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGAC
EST: gi|94479524|gb|EB708482.1|EB708482
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|149064607|gb|EE286478.2|EE286478
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|71311661|gb|DR792235.1|DR792235
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211492170|gb|FL337340.1|FL337340
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|148994442|gb|EE034088.2|EE034088
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|71435123|gb|DR816173.1|DR816173
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|71448461|gb|DR829511.1|DR829511
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCCA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|22521196|gb|BU080007.1|BU080007
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGCGGAGGACAAGCTTATTTACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211308207|gb|FL338834.1|FL338834
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAG-TGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211211310|gb|FL358291.1|FL358291
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|21390137|gb|BQ528186.1|BQ528186
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211401858|gb|FL337637.1|FL337637
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|78090931|gb|DV519305.1|DV519305
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|5525207|gb|AI861205.1|AI861205
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
genomic: CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatct ... ctggttgcagGTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
EST: gi|211281812|gb|FL349985.1|FL349985
EST:     CGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGC                         GTCCCGAAGGTGCTCTCGGTGGAGGACAAGCTTAGGAACCTTGGGTGCAA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTGTGGCAGGACGCGCAGACCCGGGCGATCCTGTCCGGCCTCCTCGAGAAGAGCTCTACCAGCgtgcgaatctcctctcccctcctcactccccctactcgcatttttaattcttctcttgattcggcctgacgctggcacctggttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT