Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGATATAGCTGACAAAGAATCTTCAAGTAGACTACGTGACAGATTGGTCAACGATGAACGGTACAGCATGGCTGTATATACTTGTAGAAAGTGCAAGgtattgaacttacaatgtgtttgtgattcttaatgcttaataccggatagtaaggcaatttaatgttgtgatcgattttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G327311_T02
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G327311_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os01g40990.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 26
GGATGATATAGCTGACAAAGAATCTTCAAGTAGACTACGTGACAGATTGGTCAACGATGAACGGTACAGCATGGCTGTATATACTTGTAGAAAGTGCAAGgtattgaac-ttacaatgtgtttgtgatt----cttaatgcttaataccggatagtaaggcaatttaatgttgtgatcgattttcag
 |||||  | ||||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||   |   ||||||  | ||| || ||    ||| |  |||  ||    || |  ||     |||||| ||||||| |||| |||
AGATGACTTTGCTGATAAAGAATCTTCAACTAATCTGCGTGACAGATTGGTCAGCGATGAACGGTATAGTATGGCTGTATATACTTGTAAAAAATGCAAGgtacgaagtgttacaacttatttctggtttatacttcacacttgctatgacatggacagtaggcttaatggtgtgatcaattt-cag