Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCATCTGGTGACATGTCTTCCATCTTGCTATGGGATCTTGACAAGGAACAACAACTCAGCACTATTCAGTCATCTGGTGATAGTGCCATTTCTTCACTGgtgagtttatgttgccatgcgctgatcagagaaatggaacattctttcaagcaactccatatttgttatttgatttgactaggctatatgtggcacttat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G048067_T02
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G048067_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os11g01872.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
TGCATCTGGTGACATGTCTTCCATCTTGCTATGGGATCTTGACAAGGAACAACAACTCAGCACTATTCAGTCATCTGGTGATAGTGCCATTTCTTCACTGgtgagtt-tatgttgccatgcgctgatcagagaaatg---gaacattctttcaagcaactccatatttgttatttgatttgactaggctatatgtggcacttat
|||||||||||||||||| || ||| |  ||||||||||||||||||||||||   ||| ||| || |||||| ||| |||||| |  |||||  | || ||||||| | |||| |  || ||  ||  |  |  ||   |   |   ||| ||  ||    || || | |  ||  ||                         
TGCATCTGGTGACATGTCCTCTATCCTTGTATGGGATCTTGACAAGGAACAACTTGTCAACACCATCCAGTCAACTGCTGATAGCGGGATTTCAGCTCTTgtgagttctttgttactgtgtgcatatgtgctatttgagtgtgaaaaatttaaaataatg--attttagcttcttttttcag----------------------

upper sequence: GRMZM2G048067_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os12g01922.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 20
--TGCATCTGGTGACATGTCTTCCATCTTGCTATGGGATCTTGACAAGGAACAACAACTCAGCACTATTCAGTCATCTGGTGATAGTGCCATTTCTTCACTGgtgagtt-tatgttgccatgcgc-tgatcagagaaatggaacattctttcaagcaactccatatttgttatttgatttgactaggctatatgtggcacttat
  |||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||||||||||||||||    ||| ||| || |||||| ||| |||||| |  |||||  | || ||||||| | |||| |  || |    ||  |||   || || |||      |   | |  |  ||  || ||                              
TATGCATCTGGTGACATGTCCTCTATCCTTGTATGGGATCTTGACAAGGAACAAG---TCAACACCATCCAGTCAACTGCTGATAGCGGGATTTCAGCTCTTgtgagttctttgttactgtgtgtgctatttgagtg-tgaaaaatttaaaataatgattttagcttcttttttcag---------------------------