Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGCATAAGTACAGAGCGCATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacatttttttatcacttgacaatgtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcccacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G028535_T01
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G028535_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os01g62900.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
GTTGGCATAAGTACAGAGCGCATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacatttttttatcacttgacaatgtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcccacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtag
||||||||||| |||| |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||   ||    ||||    | | ||| |||     | |     | | | |||  || | | | |     | | | ||  | |    |     |  || | ||    |             
GTTGGCATAAGCACAGGGCGCATACATGCTCGGGGGCCTGTTGGCGTTGATGGACTCCTAACAACTCGATGgtagggtt----atcatgccatattgtcttc----atgtccaaacattaaggacaatactattgtg--caagatgttttctgcatctagcattttatcatcatacaatat-----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60344250|gb|DN211223.1|DN211223
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|213188133|gb|FM182573.1|FM182573
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32833965|gb|CD973643.1|CD973643
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32845938|gb|CD985619.1|CD985619
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|67017479|gb|CO446228.1|CO446228
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6564250|gb|AW231872.1|AW231872
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGNCAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6022040|gb|AW066983.1|AW066983
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|211181079|gb|FL441227.1|FL441227
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|60355192|gb|DN222165.1|DN222165
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|101391685|gb|EB817779.1|EB817779
EST:     ATACATGCCCGCGGCCCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|6564119|gb|AW231741.1|AW231741
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGCCAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32930909|gb|CF035721.1|CF035721
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|149066719|gb|EE286860.2|EE286860
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|211181077|gb|FL441225.1|FL441225
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|61118748|gb|DN559709.1|DN559709
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
EST: gi|32930810|gb|CF035622.1|CF035622
EST:     ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTG                         CATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA
genomic: ATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacattttt ... ccacatgtagCATTTTGCGCGGTAGTGGACAAGTGGTGAATGGTGACAAGGGAGTGGTTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGCATAAGTACAGAGCGCATACATGCCCGCGGACCTGTTGGAGTTGATGGACTTCTAACTACTCGCTGgtacatttttttatcacttgacaatgtgttccatggtatttgtccgtgagggaagatcccacttttactgacacgattattacgctcatgtcatactcgtgatctttttctccacatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA