Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGGAGGGAAAGTACTGATGTTGAGGACATGTTTCTTGCCCATATCTCCGGAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaaacacattaagacccactgaacttttcccatgcagaggtttttaaactggaatttttgttctgtgatgttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081682_T01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 18
lower sequence: LOC_Os07g47290.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 16
GCGGAGGGAAAGTACTGATGTTGAGGACATGTTTCTTGCCCATATCTCCGGAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaaacacattaagacccactgaacttttcccatgcagaggtttttaaactggaatttttgt---tctgtgatgttag
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| || || ||||| || || |||| ||||||||| | |||||||||||   |||||   ||  || || ||||   || ||| | | |  |   |    ||||| |   | | || ||||||
GAGGAGGGAGAGTACTGATGTTGAGGACATGTTTCTGGCTCATATATCGGGAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa---cattacagccttctaaagttttt--attcagggatctagatg-taatctttttatctctttctgctgttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33101487|gb|CF061447.1|CF061447
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|32908733|gb|CF013546.1|CF013546
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACG-TGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|5762062|gb|AI967110.1|AI967110
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|24764290|gb|CA399456.1|CA399456
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|5739589|gb|AI947384.1|AI947384
EST:     CCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: CCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|211046951|gb|FL455967.1|FL455967
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGCAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|6095640|gb|AW120307.1|AW120307
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|4688570|gb|AI637240.1|AI637240
EST:     GAATGGCCCCCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|26559536|gb|CA831771.1|CA831771
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|9794851|gb|BE553159.1|BE553159
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|32916469|gb|CF021281.1|CF021281
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|60347665|gb|DN214638.1|DN214638
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|87155905|gb|DY400694.1|DY400694
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|211046948|gb|FL455964.1|FL455964
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGCAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|7145170|gb|AW506651.1|AW506651
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|21389890|gb|BQ527939.1|BQ527939
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|211046950|gb|FL455966.1|FL455966
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGCAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|32866939|gb|CF006621.1|CF006621
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|74232803|gb|DT640717.1|DT640717
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|60358930|gb|DN225903.1|DN225903
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|22715090|gb|BU197572.1|BU197572
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|22715088|gb|BU197571.1|BU197571
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|60398484|gb|DN231300.1|DN231300
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|211313620|gb|FL416741.1|FL416741
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|32909378|gb|CF014190.1|CF014190
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|31250143|gb|CD219167.1|CD219167
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|21331635|gb|BQ487016.1|BQ487016
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTTCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGAG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|76014001|gb|DT941171.1|DT941171
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|211371193|gb|FL385803.1|FL385803
EST:     GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCCGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
EST: gi|5804468|gb|AI979438.1|AI979438
EST:     GAATGGCCCCCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGG                         GATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaa ... gtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGGAGGGAAAGTACTGATGTTGAGGACATGTTTCTTGCCCATATCTCCGGAATGGACACCCTGGCACGTGGCCTCCGTAACGTTGCCAAGCTGATTGGGgtaactggaaacacattaagacccactgaacttttcccatgcagaggtttttaaactggaatttttgttctgtgatgttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT