Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccatgtggattgagtgggattgga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccat-gtggattgagtgggattgga--------------
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||  ||||     || |||  |  ||||||  || |       ||||  ||| |||  ||  ||   ||| |   |   | |  ||                   
GTCTCCAAGTTGTATGAAGTTGTGCCTCCTATCCTCACTGAGCTTGGCAAGgtaatgc--tactagattgatcaataattattgctcctttaattac-------ggctccttcagtttacttccatctcattggctaagaaataagaacatccttcacattttcag

upper sequence: GRMZM2G063851_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g33240.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccatgtggattgagtgggattgga
|| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    ||  |||| |||||||||| |||    |||   | ||  |||  |  |     || |   |    ||||| |     |            
GTCTCCAAGTTGTATGAAGTTGTGCCTCCAATCCTCACTGAGCTTGGCAAGgtaatgc--cactagatt-gatcatgattgctaccgttttatgtccatcttattggctaaaaagtgacaacattgtccatatttccag------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100125|gb|CF060085.1|CF060085
EST:     ACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: ACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|40335071|gb|CK369141.1|CK369141
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|84908305|gb|DW404183.1|DW404183
EST:     TACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|89248619|gb|DY620405.1|DY620405
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|5901109|gb|AW042209.1|AW042209
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|116813560|gb|EC856011.1|EC856011
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|78179069|gb|DV549442.1|DV549442
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCCAATGTTGATGCTCA
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCA
EST: gi|31364242|gb|CD448597.1|CD448597
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|148929642|gb|EC876096.2|EC876096
EST:     TGTGCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|76010584|gb|DT937754.1|DT937754
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|31363851|gb|CD448206.1|CD448206
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|149100798|gb|EE186892.2|EE186892
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|6973552|gb|AW438288.1|AW438288
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGGTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|110202089|gb|EC883986.1|EC883986
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|71771088|gb|DR969025.1|DR969025
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|78021514|gb|DV489901.1|DV489901
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|37380261|gb|CF626924.1|CF626924
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|241994796|gb|GR421149.1|GR421149
EST:     CCTCCTATCCTCANTGAGNTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCANGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: CCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|32796104|gb|CD948340.1|CD948340
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|110954440|gb|EE174492.1|EE174492
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|76010585|gb|DT937755.1|DT937755
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|148991805|gb|EE033386.2|EE033386
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|93284645|gb|EB676909.1|EB676909
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|149082973|gb|EE172210.2|EE172210
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|60395299|gb|DN228168.1|DN228168
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC